В отношении органов судебной власти президент представляет Совету Федерации кандидатуры судей Конституционного Суда, Верховного Суда, Высшего Арбитражного Суда, Генерального прокурора. Президент наделен полномочиями обращаться в Конституционный Суд с запросом о соответствии Конституции Российской Федерации нормативных актов, о толковании Конституции.
Президент РФ применяет согласительные процедуры в случае разногласий между органами власти, он вправе приостанавливать действие актов исполнительной власти субъектов РФ в случае противоречия их Конституции, федеральным законам, международным обязательствам России или нарушения прав и свобод человека до решения этого вопроса соответствующим судом.
Президент принимает участие и в формировании некоторых других федеральных органов государства. Так, президент представляет Государственной Думе кандидатуру для назначения на должность Председателя Центрального банка РФ, ставит перед Думой вопрос об освобождении его от должности. Президент назначает одну третью часть Центральной избирательной комиссии, предлагает Государственной Думе и Совету Федерации кандидатуры для назначения соответственно Председателя и Заместителя Председателя Счетной палаты.
Важной конституционной функцией президента является обеспечение осуществления полномочий федеральной государственной власти на всей территории Российской Федерации. Эта функция осуществляется в соответствии с Конституцией совместно с правительством.
Деятельность президента, правительства, других федеральных органов исполнительной власти строится на строгом учете принципов федерализма, обеспечения конституционно закрепленной сферы их самостоятельности.
В обеспечении президентом осуществления полномочий федеральной власти на всей территории Российской Федерации ответственная роль принадлежит полномочным представителям президента в федеральных округах.
В соответствии с Федеральным законом от 6 октября 1999 г. «Об общих принципах организации законодательных (представительных) и исполнительных органов государственной власти субъектов Российской Федерации» гражданин Российской Федерации наделяется полномочиями высшего должностного лица субъекта РФ (руководителя высшего исполнительного органа государственной власти) законодательным (представительным) органом данного субъекта по представлению Президента РФ.
Президент РФ наделен правом распустить законодательный (представительный) орган субъекта Федерации в случае, если названный орган принял конституцию (устав), закон, иной нормативный правовой акт, противоречащие Конституции РФ, федеральным законам.
Характеризуя полномочия президента по отношению к органам исполнительной власти субъектов Федерации, следует указать, что президент вправе приостанавливать действие актов органов исполнительной власти субъектов Федерации в случае их противоречия Конституции РФ и федеральным законам, международным обязательствам Российской Федерации или в случае нарушения прав и свобод человека и гражданина, до решения этого вопроса соответствующим судом. Президент также вправе выносить предупреждение высшему должностному лицу (руководителю высшего исполнительного органа государственной власти) субъекта Федерации в случае издания им нормативного акта, противоречащего Конституции РФ и федеральным законам, и отрешить от должности высшее должностное лицо (руководителя высшего исполнительного органа государственной власти), что влечет за собой отставку возглавляемого указанным лицом высшего исполнительного органа государственной власти.
