18 октября 1654 года галеон вышел из Кальяо с ценнейшим грузом. Командовал кораблём опытный капитан Франциско де Соса. «Иисус Мария де ла Лимпия Консепсьон» была капитаной. Под названием «Ла Капитана» галеон и вошёл в историю.
Выйдя в море в сопровождении альмиранты, галеон взял курс на северо-запад вдоль побережья. На шестой день плавания эскадра приблизилась к побережью Эквадора в районе мыса Санта-Елена. Это был поворотный пункт, после которого корабли поворачивали на северо-восток.
Лишь одна опасность беспокоила штурмана судна Мигеля Бенитеса – возможность появления на горизонте пиратов. Однако испанские лазутчики заранее известили его о том, что вражеских кораблей не замечено поблизости.
В 11 часов вечера 26 октября 1654 года в сумерках пассажиры услышали гул прибоя. В темноте корабль с огромной силой ударился о неизвестный риф в бухте Чандуй, недалеко от Гуаякиля. После трёх ударов о камни судно лишилось руля, а в появившиеся пробоины хлынула морская вода. Чтобы отсрочить гибель судна де Соса приказал запустить помпы. Однако повреждения корпуса были слишком велики. Фатальной оказалась жадность испанских коммерсантов. Галеон был настолько перегружен тюками с товарами, которые буквально загромождали каждый уголок судна, включая палубу, что сложно было даже спустить якорь, не говоря уже о том, что из-за этого судно всё быстрее погружалось. Альмиранта, оказавшись в окружении подводных камней, смогла благополучно выбраться из ловушки, с минимальными повреждениями, но помочь флагману была не в силах.
Поскольку помпы не справлялись с напором воды, все мужчины, находившиеся на борту, взяв в руки ведра, фляги и черпаки, стали выкачивать воду. Целый день шла борьба за жизнь корабля, но, несмотря на все усилия, вода поднялась в трюме на восемь футов.
Утро 27 октября люди, находившиеся на борту, встретили с полным опустошением. Все были крайне истощены и находились в состоянии паники. Пытаясь спастись, по крайней мере, двадцать человек бросились в воду, набив карманы золотом. Все они погибли. Единственная возможность спастись тем, кто оставался на борту – постараться достичь берега и выбросить «Консепсьон» на прибрежные отмели.
Подняв парус на бушприте, де Соса сумел с большим трудом выйти из скальной ловушки. Галеон, пройдя небольшое расстояние, затонул приблизительно в миле от берега.
