Новый взрыв интереса к проблеме связан с именем немецкого филолога приват-доцента Страсбургского университета Эдуарда Тремера. Он приехал в Россию в 1891 г. для изучения хранящихся в русских библиотеках и архивах древнегреческих рукописей, прочел не известную ему ранее статью Клоссиуса, в которой, был приведен поразивший его список Дабелова, и решил заняться поисками перечисленных рукописей. Обследовав несколько архивов, он вынужден был признать вслед за Клоссиусом, что в них «нет и следа потерянных книжных сокровищ царя Ивана IV», Тогда он предположил, что библиотека должна остаться там, где ее видел Веттерман, то есть в подземном тайнике. Тремер подал прошение на имя царя, чтобы ему было разрешено при помощи «железного зонда» провести археологическое исследование на территории Московского Кремля. Разрешение было получено, но несколько попыток не дали результата: зонд попадал на материк. Однако Тремер считал, что его неудача обусловлена лишь тем, что он напал «не на настоящий пункт». Уезжая из России, он передал газете «Московские ведомости» статью «Библиотека Ивана Грозного», где публично высказал свою уверенность в правильности избранного им направления и метода поиска. «С тех пор как решено произвести исследования всего Кремля, – писал он, – вопрос об исчезнувшей библиотеке царя Ивана IV находится под счастливой звездой. Наука поздравит Россию, если ей удастся отыскать свой затерянный клад, но она с благодарностью отнесется даже и к отрицательному результату поисков, если не удастся найти тайное хранилище библиотеки, потому что тогда и только тогда вопрос о судьбе сокрытых 800 рукописей будет окончательно решен с тем, чтоб навсегда умолкнуть».
Статью Тремера вспомнили два года спустя, в 1894 г., когда в различных изданиях прошла серия публикаций статей ученых о подземной Москве: И.Е. Забелина «Подземные хранилища Московского Кремля», где он приводил донесение Конона Осипова; Н.П. Лихачева «Царская библиотека в XVI столетии»; А.И. Соболевского «Библиотека и архив Ивана Грозного», «Подземные палаты московских царей» и другие. Все эти авторы считали необходимым начать раскопки в Кремле в поисках библиотеки Ивана Грозного или его архива, директор Исторического музея Н.С. Щербатов получил разрешение на раскопки, была заложена траншея между Благовещенским и Архангельским соборами, обнаружены каменные стены древней кладки, но тайника там не было; под Арсенальной башней нашли начало подземного хода, дальнейшие же раскопки прекратили, так как кончились отпущенные на них средства.
Но среди ученых единого мнения не было: если И.Е. Забелин полагал, что библиотека погибла, то ученый-архивист, сотрудник Главного архива министерства иностранных дел С.А. Белокуров вообще отрицал ее существование. В 1894 г. он вступил в полемику. После появления статей И.Е. Забелина и А.И. Соболевского, вспоминал он впоследствии, «я счел нелишним напечатать в «Московских ведомостях» свое мнение по этому вопросу (статья «О библиотеке и архиве царя Ивана IV»), именно, что в Московском Кремле род землей нет ни библиотеки, ни архива царских XVI века. Моя статья не убедила г. Соболевского в ошибочности его мнения, и ответ свой он поместил в одном из №№ «Нового времени». Между нами завязалась полемика, принявшая такой тон, который заставил желать возможно скорого ее прекращения. С тем большею охотою я привел, в исполнение это свое желание, что вполне убедился в бесполезности полемики для выяснения затронутых вопросов. Принятый г. Соболевским тон мешал спокойному обсуждению предмета речи; а обнаруженные им в статьях познания не давали надежды узнать что-либо новое касательно библиотеки или архива царских XVI века. Вместо полемических статей нашел я более полезным написать особое исследование о спорных вопросах».
