Чингисхан направил Субедея выследить меркитов с заданием разбить их. Субедей нанёс поражение меркитам на реке Чу в 1216 году и повторно в 1219 году на территории Дикого Кипчака. Вскоре после этого Мухаммед II из Хорезма напал на Субедея у реки Иргиз. Субедей выстоял в упорной битве, применив хитрость и ряд обманных действий. В конце 1219 года Чингисхан повёл войско на запад для нападения на Хорезм. Субедей командовал авангардом основной колонны. С 70 000 воинов, или около того, его армия намного превосходила армию султана, чем всё то, на что мог рассчитывать Мухаммед II. Он попытался спастись, сбежав в центральную Персию. Чингисхан отправил Субедея и Джебе во главе туменов, чтобы выследить его. Мухаммед избежал плена, но заболел и умер в начале 1221 года.
Субедей провёл часть зимы в Азербайджане. Здесь он задумал обогнуть Каспийское море, чтобы напасть в тыл кипчакам. После полицейской операции в Персии и рейда в Грузию татары зимой пересекли Кавказские горы и обошли Дербентский перевал. При помощи закулисной дипломатии Субедей разгромил аланов и донских кипчаков. Он разгромил русское войско в районе реки Калка (31 мая 1223 г.), но набег на территорию Волжских Булгар закончился с серьёзными потерями. Субедей получил подкрепление и впоследствии покорил диких кипчаков и канглисов. Наконец, он вернулся к Чингисхану, в то же время, когда его армия также возвращалась домой.
Субедей сыграл ключевую роль в кампании против Ся в 1226 году. В 1227 году он завоевал районы Цзинь в верховьях реки Вэй. Боевые действия и операции были прерваны смертью Чингисхана. Наследником Чингисхана стал его сын Угедей. В 1230—1231 годах Угедей лично возглавил основную армию против империи Цзинь (в Центральном Китае), но попытка прорваться на равнины Хонаня окончилась неудачей после того, как Субедей потерпел поражение при Шан-чэ-хуе. Татары осадили и взяли Фэнсян, второстепенную цель. В 1231—1232 годах татары предприняли вторую попытку. На этот раз Субедею удалось перехитрить армии Цзинь. Могуллы одержали решающие победы при Сянфане (9 февраля 1232 г.), Янъи (24 февраля 1232 г.) и Тьех'линге (1 марта 1232 г.). Угедей и основная могуллская армия вернулись в Монголию, оставив Субедея с небольшими силами, чтобы завершить завоевание Хонаня. У Субедея были сложности с захватом больших городов и ему потребовалось еще почти 2 года, чтобы окончательно уничтожить империю Цзинь. Он заключил союз с Сун, чтобы получить помощь в выполнении поставленной цели. Сун не заставили долго ждать, чтобы поссориться с татарами. Две армии Сун захватили Кайфэн и Лоян летом 1234 года. Татары вернулись и отогнали войска Сун.
Угедей решил направить большую часть армии в западные районы, чтобы окончательно разгромить диких кипчаков и булгар. Субедею было поручено руководить операциями (под общим командованием хана Бату). Он разгромил войска лидера кипчаков Бахмана на северной стороне Каспийского моря, а затем завоевал волжских булгар. В конце 1237 года Субедей атаковал Рязань, Владимир и Суздаль, действуя тремя колоннами (как обычно, зимой). Войска урусов потерпели поражение в трёх отдельных сражениях, их города были взяты один за другим. Летом 1238 года татары остановились на отдых на реке Дон. Колонны войск были разосланы, чтобы покорить различные племена, жившие на равнинах вокруг Чёрного моря. В 1239 году Черниговское государство урусов было разбито, а их города взяты.
