Когда наступили времена гонений на Русскую Православную Церковь, Санаксарский монастырь, где упокоился Феодор Феодорович, был закрыт. Часовня, выстроенная над его могилой, была до основания разрушена, честные его останки в 1930-е годы были осквернены безбожниками.
В годы Великой Отечественной войны 1941-1945 годов воинская слава Феодора Феодоровича Ушакова была вспомянута, его имя, наряду с именами святых благоверных князей Александра Невского и Димитрия Донского и великого русского полководца Александра Суворова, вдохновляло к подвигу защитников Родины. Были учреждены орден и медаль адмирала Ушакова, которые стали высшими наградами для воинов-моряков.
Отныне могила Феодора Ушакова и, как следствие, весь Санаксарский монастырь находились под присмотром государственной власти, и это предотвратило разрушение чтимой праведником обители. В 1991 году Санаксарский монастырь был возвращен Русской Православной Церкви. Почитание святого праведника год от году возрастало. На его могиле служились панихиды, многочисленные паломники – духовенство, монашествующие, благочестивые миряне, среди которых часто можно было видеть воинов-моряков, – приходили поклониться Феодору Феодоровичу Ушакову, светлый облик которого оказался необычайно близок и воинству, и народу, побуждая к столь же ревностному служению военному и гражданскому, «дабы увидеть новую славу любезного Отечества».
Синодальная комиссия по канонизации святых русской Православной Церкви, внимательно изучив его подвижнические труды в служении Отечеству, благочестивую жизнь, праведность, милосердие и самоотверженный подвиг благотворительности, не нашла препятствий к канонизации, и в декабре 2000 года Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II благословил прославить адмирала Российского флота Феодора Ушакова в лике праведных местночтимых святых Саранской епархии.
Российский флот, боголюбивое Российское воинство обрели небесного предстателя и ходатая перед Престолом Божиим о многострадальном Отечестве нашем.
Святые мощи праведного воина Феодора Ушакова находятся в соборном храме Рождества Богородицы.
Молитва святому праведному воину Феодору
О преславный защитниче земли Русския и веры православныя усердный поборниче, непобедиме воине Феодоре! Никая благодарственная словеса, ниже изящная витийства довлеют, во еже прославити праведное и дивное твое житие, понеже измлада крепкую веру во Христа и любовь ко Отечеству стяжав, благоплодное прозябение честных родителей явился еси. Сего бо ради, Божию дару тезоименит, стране своей в скорбная времена браней противу иноплеменных показался еси. Ибо, праведным воеводам подражая, не числом и умением токмо, но паче верою враги побеждал еси, силу благочестия истиннаго показуя. Темже любовию к тебе распаляеми, воспеваем многая добродетели твоя: велию любовь ко Господу и ближним, зане тех ради живот полагал еси; чистоту ангелоподобную, яко вся воздержанием удивил еси; нестяжание истинное, ибо благая и красная мира сего презрел еси. Ей, преблаженне Феодоре, угодниче Божий и благоверный болярине царей православных, призри на убогое моление наше, из греховного плена к тебе возносимое. Приклони на милость Господа нашего Иисуса Христа, да не воздаст по делом нашим, но обаче дарует грехов оставление, избавит от злых, находящих на ны; и подаст властем нашим о народе усердное попечение, воинству мужество в ратех, народу благочестие трезвенное. И сподобит нас достигнути безмятежнаго пристанища во Царствии Небеснем, идеже со всеми святыми прославляти будем всесвятое имя Отца и Сына и Святаго Духа во веки веков. Аминь.
