Дело было в Пажеском Корпусе в Петрограде; во время гимнастики один мальчик получил сильный удар по голове и после того опасно заболел; лечили его всякие врачи и профессора, но ему лучше не становилось и матери сказали, что ее сын безнадежен и в лучшем случае, если не умрет, то будет идиотом. Тогда мать поехала в Кронштадт, там ей удалось увидеть отца Иоанна, который с ней поехал к больному, помолился и сказал, что ее сын будет здоров. Действительно, от того дня мальчику стало лучше и вскоре он совсем поправился на удивление всех врачей.
А. И. Коптев, присяжный поверенный в Москве, заболел психическим расстройством. Доктора признали излечение более чем сомнительным. Жена больного, выслушав докторов, решила поехать в Кронштадт и обратиться за помощью к отцу Иоанну. Прибыв в Кронштадт, она отправилась к ранней обедне, которую служил батюшка. Народу в церкви было так много, что Коптева, опасаясь давки, остановилась у самых церковных дверей вместе с нищими. Когда же обедня кончилась, она хотела было уже идти узнавать, где и когда можно ей повидать отца Иоанна, как вдруг увидела его самого, идущего по направлению к ней. Народ быстро расступился, давая ему дорогу, повинуясь повелительному движению его руки. Дойдя до Коптевой, отец Иоанн остановился перед ней и глядя ей в лицо сказал: «Не грусти, не отчаивайся, Бог услышит твою молитву, поезжай себе домой с Богом». После этого он благословил ее и отпустил домой с миром. Тогда она поспешила вернуться домой, в Москву, к больному мужу. Вскоре окружающие стали замечать, что состояние здоровья Коптева значительно улучшилось, а спустя месяц он поправился настолько, что смог заниматься делами.
Очевидец исцеления бесноватого пишет: «В 1882 году в Кронштадте, когда мне было всего 10 лет, в один из воскресных дней я был на литургии в Андреевском соборе. После литургии, когда еще прихожане не успели разойтись, ввели бесноватого – здорового мужика, которого поддерживали около 10-ти таких же мужиков; они подвели его на левый клирос и держали крепко за руки. У бесноватого на лице выступил пот и около рта густая белая пена. Я подошел поближе, чтобы видеть исцеление. Вскоре из алтаря вышел отец Иоанн Кронштадтский и приказал мужикам подвести бесноватого поближе к нему; в это время я ясно услышал изо рта его какие-то звуки, похожие на пение петуха, и он сильно рванулся, чтобы вырваться от держащих его мужиков. Затем отец Иоанн, взяв епитрахиль и, держа над головой больного, стал читать молитвы. Больной упал на колени; не слышно было больше пения, стал затихать, а когда отец Иоанн перекрестил его крестом, он встал, сильно вспотев, и стал медленно уходить из церкви, а за ним пошли те мужики, которые уже не держали его. На всех окружавших это чудесное исцеление бесноватого произвело сильное впечатление, и я долго это помнил и рассказал своей матери о чудесном исцелении бесноватого».
Также каждый день отец Иоанн получал до 1000 писем и телеграмм, с просьбами помолиться об исцелении больных. С просьбами обращались не только православные, но и инославные христиане, иудеи, мусульмане и язычники. Письма с просьбами о молитве приходили не только из России, но и из других стран. Впоследствии, когда писем и телеграмм стало очень много, отцу Иоанну пришлось взять нескольких секретарей для их разбора. Из-за множества писем, отец Иоанн не всегда мог отдельно помолиться за каждого, кто обращался к нему, тогда во время совершения проскомидии он клал перед собой кипы писем и телеграмм и, вынимая из просфор частицы, громко молился: «Помяни, Господи, всех заповедавших мне молиться о них!» И, несмотря на столь необычный способ молитвы, страждущие также получали помощь по молитвам отца Иоанна.
