В декабре 1944 года Кисунько как опытного инженера перевели на преподавательскую работу в Военную краснознаменную академию связи имени С. М. Будённого. Среди его студентов был и Серго Лаврентьевич Берия. После завершения учебы Берия-младший получил назначение на должность главного конструктора КБ-1, а его бюро приобрело статус главной организации военно-промышленного комплекса страны. Понятно, что молодой инженер с высокими властными полномочиями стремился собрать у себя лучших из лучших, поэтому в конце 1950 года Кисунько перевели в КБ-1 и назначили начальником лаборатории по разработке антенно-волноводных устройств радиолокатора «Б-200» системы ПВО Москвы. И вот, когда работа над первыми комплексами противовоздушной обороны была завершена, встал вопрос о дальнейших перспективах.
Впервые проблематикой противоракетной обороны Григорий Кисунько заинтересовался в августе 1954 года. Столкнувшись с теми же вопросами, что и Минц, он понял: работы не сдвинутся с места до тех пор, пока не удастся изучить радиолокационные свойства баллистических ракет. В начале июня 1955 года группа специалистов КБ-1 и РАЛАН получила разрешение побывать на полигоне Капустин Яр, где проходили летные испытания баллистической ракеты «Р-5М». Ракетчики встретили их радушно, показали ангар, где готовились к пуску «изделия», стартовую площадку. Пуск и полет ракеты произвели на приезжих большое впечатление. Однако узнать об отражающих характеристиках головных частей они не смогли.
Вернувшись в Москву, Кисунько доложил министру оборонной промышленности Дмитрию Федоровичу Устинову о результатах поездки и о своем намерении приступить к разработке принципов построения системы ПРО. Узнав об этом, министр очень обрадовался и пообещал Григорию Васильевичу всяческую поддержку. К тому времени Устинов уже понимал, что проблема действительно очень сложна и что есть лишь две реальные кандидатуры на должность руководителя проекта ПРО: Кисунько и Минц. Устинов сделал ставку на первого.
Резкий переход Кисунько от противовоздушной к противоракетной тематике объясняется еще и личностным фактором. Вот как об этом рассказывает участник создания системы противоракетной обороны Юрий Александрович Каменский:
После ареста Сергея и Лаврентия Берии всех полковников КГБ сняли с должностей начальников отделов КБ-1, которые они занимали. Начальниками отделов стали ученые, справедливость была восстановлена. Заняв соответствующие высокие должности, А. А. Расплетин и Г. В. Кисунько стали претендовать на лидерство, и вскоре стало ясно, что, как двум медведям, им тесно в одной берлоге. Расплетин быстро «набирал обороты». Был назначен главным конструктором системы «С-25», затем – главным инженером КБ-1, затем – главным конструктором КБ-1 и начальником ОКБ-31.
Кипучая энергия Кисунько нуждалась в выходе, который могло дать участие в работе государственного масштаба. Система противоракетной обороны подходила более всего. <…> Вникая в суть дела, Григорий Васильевич <…> всё более входил во вкус.
Силами одной лаборатории Кисунько создать систему ПРО было невозможно. Еще 14 февраля 1955 года в составе КБ-1 были образованы СКБ-31 по зенитной ракетной тематике и СКБ-41 по авиационной тематике. Расплетин считал реорганизацию завершенной, но Устинов придерживался иного мнения и поручил начальнику КБ-1 подготовить предложения о создании еще одного специального конструкторского бюро по противоракетной тематике. Седьмого июля 1955 года министр оборонной промышленности подписал приказ «О создании СКБ-30 и проведении НИР в области ПРО». Начальником СКБ-30 был назначен Кисунько. Расплетин не был согласен с приказом министра и, как главный конструктор КБ-1, к участию в работах по ПРО относился осторожно.
