За достигнутые успехи в октябре 1944 года он получил воинское звание инженера-полковника, а в 1946 году был избран членом-корреспондентом Академии наук, стал лауреатом Сталинской премии 1-й степени и возглавил Лабораторию № 11 в составе Физического института АН СССР по созданию ускорителей заряженных частиц. Лаборатория разместилась в Москве, в особняке на Фрунзенской набережной. С этого времени круг научных интересов Минца резко расширился: начинался атомный век, и ученый должен был построить циклический ускоритель элементарных частиц высоких энергий для исследований в области ядерной физики. Радиотехнические проблемы создания высокочастотного питания для синхроциклотрона (ускорителя протонов), который сооружался в 1949 году в Подмосковье (ныне город Дубна), казались непреодолимыми, но Александр Минц справился с ними. В 1951 году за создание синхрофазотрона ему во второй раз была присуждена Сталинская премия 1-й степени, а после завершения строительства в Дубне нового синхрофазотрона с энергией 10 ГэВ он был удостоен и Ленинской премии.
В феврале того же 1951 года Александр Минц был назначен руководителем РАЛАН, которой и предстояло реализовать сложнейший проект противоракетной обороны Москвы, получившей название «Барьер». Идея нового проекта заключалась в строительстве на ракетоопасном направлении радиолокационных станций с неподвижными, смотрящими в зенит антеннами, расположенными на расстоянии 100 километров друг от друга. Лучи станций должны были бы создавать три «забора» на пути баллистических ракет. Концепцию «забора» предложил вышеупомянутый Юрий Хлебцевич. Минц называл этого человека «злостным изобретателем», однако к высказываниям его прислушивался. Экспериментальный вариант системы планировали построить на одном из полигонов Министерства обороны.
В РАЛАН была образована особая группа в составе пяти человек. Первым организационным мероприятием стала изоляция ее от остальных сотрудников, хотя все они имели допуск к работам с грифом «совершенно секретно». Группа расположилась в отдельной комнате, входить в которую мог только сам Минц. Так продолжалось около года, в течение которого был подготовлен пакет предложений.
Перед своими сотрудниками Минц поставил две основные задачи. Во-первых, изучить существующие материалы, связанные с возможностью обнаружения межконтинентальных баллистических ракет. Во-вторых, на основе изучения траекторий ракет, способных долететь до Москвы, и свойств самих ракет, предложить теоретическое обоснование системы их обнаружения.
Группа приступила к работе. Результатом стал отчет, в котором специалисты в общих чертах определили технические характеристики предполагаемых локаторов. Анализируя распространение радиоволн, оценивая величины потерь в атмосфере и ионосфере, возможные ошибки в измерении дальности за счет искривления лучей в этих средах, они выбрали диапазон радиоволн 30 сантиметров: он оказался наиболее оптимальным с точки зрения минимизации потерь сигнала и почти не подвержен искажениям в ионосфере. В системе ПРО группа предложила использовать локаторы с неподвижными антеннами для формирования трех радиолокационных «заборов». Согласно проведенным оценкам, после того как ракета последовательно пересекала «заборы», по трем засечкам определялись дальность и два угла цели, и можно было определить точку падения ее головной части. Для проверки принципов будущей системы Минц предложил руководству создать ее полигонный вариант, который получил название «зонального».
