Другим механизмом формирования новых возбудителей выступает плановая иммунопрофилактика. В результате иммунологического пресса, вызванного массовой вакцинацией, происходят антигенные изменения в популяции возбудителя, и преимущественное распространение приобретают клоны (штаммы), не входящие в состав вакцин. В 1990-е гг. на фоне систематической вакцинации детей АКДС-препаратом с высоким охватом стали регистрироваться подъемы заболеваемости коклюшем в Австралии, Голландии, Канаде, США. Исследование циркулировавших штаммов выявило существенное изменение характеристик выделяемых от больных штаммов Bordetella pertussis no сравнению с допрививочным периодом. При сравнении с хранившимися музейными штаммами B.pertussis было обнаружено, что через 20—60 лет постоянных прививок циркулировавшие во время подъемов заболеваемости штаммы B.pertussis содержали характеристики (рт2 или рт3, которые отсутствовали у вакцинных штаммов (Семенов Б. Ф. и др., 2003).
Большие изменения произошли в свойствах возбудителя коклюша и в России. На смену «дикому» штамму серотипа 1.2.3, который широко циркулировал в довакцинальный период, пришел штамм серотипа 1.0.3. Преобладающая циркуляция серотипа 1.0.3 вызвала рост заболеваемости, т. к. этот вариант отсутствовал в составе отечественной вакцины, состоявшей из серотипа 1.2.3 (Покровский В. И. и др., 2003).
Похожая ситуация произошла в нашей стране и с возбудителем дифтерии. На фоне высокой привитости в 1970-е гг. произошла смена биовара «гравис» на «митис». Последний сохранял преимущественное распространение до 1990-х гг. Подъем заболеваемости 1990-х гг. совпал не только с резким снижением охвата прививками, но и с новым распространением биовара «гравис» (Покровский В. И. и др., 2003).
Появление новых клонов возбудителей, не связанное с вакцинацией, также может вызывать эпидемические подъемы заболеваемости. Например, появление резистентного клона золотистого стафилококка Staphylococcus aureus привело к эпидемии импетиго среди детей в Швеции и Норвегии (Osterlund A. et al, 2002). Клоновый характер носили первая и вторая пандемии менингококкового менингита серогруппы А в 1967—1968 гг. и в начале 1980-х гг. Эта же закономерность была отмечена во время эпидемических подъемов заболеваемости менингококковым менингитом серогруппы А в России в те же годы (Дельвиг А. А. и др., 2000).
Время от времени человечество подвергается нашествию совершенно новых инфекций, имеющих чрезвычайно высокие показатели вирулентности (способности передаваться от больного к здоровому и вызывать заболевание) и смертности. Это первые эпидемии лихорадки Эбола в Африке и эпидемия так называемой «атипичной пневмонии» в 2003 г. Эпидемии птичьего и свиного гриппа в 2009 г. сегодня снова возвращаются.
Инфекционную природу имеют многие онкологические заболевания. Известно, что вирусы гепатита В и С вызывают рак печени, возбудитель описторхоза – холангиокарциному, папилломавирусы 16-го и 18-го типа – наиболее частая причина рака шейки матки и мочевого пузыря, вирус Эпштейн-Барра способен индуцировать рак носоглотки и желудка, лимфогранулематоз, возбудитель язвенной болезни H. pylori является фактором риска развития аденокарциномы желудка, неходжкинской лимфомы и мукоз-ассоциированной лимфомы желудка.
Следующие гельминты включены в перечень канцерогенов человека – Schistosoma haemotobium, Opisthorchis viverrini – или потенциальных канцерогенов – Schistosoma japonicum, Clonorchis sinensis (IARC, 1994). По данным ВОЗ, до 84% некоторых форм злокачественных новообразований имеют инфекционную природу (WHO, 1996).
