20 апреля Щастный прибыл в Кронштадт и сразу оказался в центре всеобщего внимания. Газеты писали о подвиге моряков, славили нового, ещё недавно никому не известного «адмирала», хотя официально командующий оставался капитаном I ранга. 37-летний офицер стал популярен не только в среде моряков, но и среди петроградцев независимо от их политических пристрастий. При этом сам Щастный в политику играть вроде бы не собирался, во всяком случае он не был членом какой-либо партии и открыто своих взглядов не выражал. К советской власти был подчёркнуто лоялен, но не более.
Всё изменилось в мае, когда Щастный получил из Москвы приказ подготовить корабли флота к взрыву. Причём оформлен он был не как официальный приказ, а как телеграмма от начальника Морского штаба Евгения Беренса. Вот как описывал его реакцию в своих воспоминаниях флагманский артиллерист 1-й бригады линейных кораблей, а впоследствии профессор и контр-адмирал Георгий Николаевич Четверухин (ЧетверухинГ.Н. «Сполохи воспоминаний». Морской сборник. 1991. № 11):
«Алексей Михайлович находился в крайне возбуждённом состоянии, нервно ходил из угла в угол, в своей каюте на „Кречете“. Затем, остановившись, сказал прерывающимся от волнения голосом: „Сегодня, 21 мая, Беренс сообщил мне секретную резолюцию Троцкого, которую он наложил на моём последнем донесении. Вы понимаете, что он предлагает мне, русскому морскому офицеру? Составить списки лиц, которым должны быть поручены работы по уничтожению судов, для выплаты им денежных наград за удачное выполнение взрывных работ. Значит, я должен вербовать этих Иуд Искариотов и обещать каждому за его грязное дело тридцать сребреников! И ещё: усиленно проповедуя необходимость коллегиального обсуждения всех подлежащих решению важных вопросов, он почему-то в данном случае не доводит его до сведения Совкомбалта, понимая, очевидно, что это вызовет бурю негодования. Он замыкает его только на меня с тем, чтобы в случае необходимости сказать: „Товарищи, да это подлое дело рук одного Щастного!“ Поэтому я прихожу к убеждению, что в Брестском мирном договоре имеется тайный пункт об уничтожении флота, который и объясняет настырность Троцкого в этом вопросе…“»
Возмущение командующего понятно – ему было предложено собственноручно уничтожить флот, который только что был им спасён. Версия о секретных протоколах к Брестскому миру, подразумевавших расплату с немцами в том числе кораблями флота, в эти дни активно обсуждалась в Петрограде. Ходили слухи, что корабли будут взорваны фиктивно, с минимальными повреждениями (для чего якобы и создавали спецкоманды), после чего кайзеровский флот легко войдёт в гавань и поднимет их. В это верили, а большевиков после подписания сепаратного мира почти открыто называли немецкими ставленниками.
Для спасения флота Щастный решил придать приказ гласности, и на следующий день он просто зачитал его с трибуны III съезда делегатов Балтийского флота со своими комментариями. Съезд принял решение, что корабли можно заминировать и взорвать только после боя с реальным противником, если не будет иного выхода. В Москву к Троцкому отправилась делегация моряков, чтобы лично вручить ему решение съезда. На следующий день Щастный отправил в Морской штаб телеграмму с просьбой об отставке, но она принята не была.
Стоит отметить, что настроение моряков-балтийцев по отношению к большевистскому правительству в эти дни было почти враждебным. Причин на это было много: от заключения «странного» мира с немцами до неспособности наладить снабжение флота. Возвращение кораблей и экипажей стало неприятным сюрпризом для городских властей, они оказалось к этому не готовы. Как раз в мае произошло открытое антибольшевистское выступление в Минной дивизии, моряки которой приняли резолюцию следующего содержания:
