Возможности двух направлений – ленинского и свердловского – по влиянию на судьбу царской семьи были примерно равны. Несмотря на то, что Ленин обладал большим авторитетом в партии, Свердлов имел поддержку мощных и влиятельных структур как в России, так и за границей. Екатеринбург задолго до того, как в него была доставлена царская семья, был выбран Свердловым в качестве своей опорной базы.
В первой половине 1918 года Свердлов не мог не учитывать значение германского фактора и авторитета, какой имел в партии Ленин. Поэтому при решении вопроса о царской семье председатель ВЦИК вынужден был проявлять изощрённую хитрость и скрытность. Не вызывает сомнений, что Свердлов разъяснил Яковлеву, что он должен придавать всей операции особую таинственность, но таким образом, чтобы у всех в Тобольске сложилось уверенность, что царскую семью вывозят в Москву, а затем за границу. На самом деле Яковлев должен был доставить семью Николая II в Екатеринбург и сдать местным властям. Яковлев должен был играть роль человека, всеми силами стремившегося выполнить задание Свердлова, но не сумевшего этого сделать из-за противодействия «своевольных» уральцев. Свердлов изначально создавал миф о якобы самостоятельных действиях уральских властей в отношении царской семьи, чтобы объяснить ими оставление её в Екатеринбурге. Этим «своеволием» будет объясняться и злодеяние 17 июля 1918 года.
В Екатеринбург императорская семья в составе Николая II, Александры Фёдоровны и Марии Николаевны прибыла 30 апреля 1918 года. В Тобольске, ввиду болезни Алексея, остались Ольга, Татьяна, Анастасия, а также члены свиты. В Екатеринбург они были доставлены 23 мая.
Во время перевода Николая II, Александры Фёдоровны и Марии Николаевны на Урал между уральскими властями и В.В.Яковлевым возник конфликт. Особоуполномоченный ВЦИК разгадал намерения руководства уральской области совершить в дороге покушение на семью Романовых. По этой причине после прибытия из Тобольска в ТюменьВ.В.Яковлев приказал двигаться далее не в Екатеринбург, а в Омск. Уральский Совет заявил протест В.И.Ленину и Я.М.Свердлову, назвал действия В.В.Яковлева изменническими и призвал к его аресту. В результате переписки Центра с обеими сторонами и заверения Я.М.СвердловымВ.В.Яковлева в том, что власти Урала не будут применять к царской семье насильственных действий, 30 апреля поезд прибыл в Екатеринбург.
Царскую семью разместили в реквизированном доме военного инженера Н.Н.Ипатьева под руководством коменданта А.Д.Авдеева. Дом Ипатьева назывался «домом особого назначения». Режим содержания, по сравнению с Тобольском, был ужесточён. Здесь семья провела последние 78 дней жизни. Вместе с Романовыми в Екатеринбург приехали их приближённые и слуги. Кто-то был расстрелян почти сразу, кого-то арестовали и убили несколько месяцев спустя. Кто-то выжил и впоследствии смог рассказать о том, что происходило в Ипатьевском доме. Жить с царской семьёй остались лишь четверо: доктор Боткин, лакей Трупп, горничная Нюта Демидова и поварёнок Леонид Седнев. Он станет единственным из заключённых, кто избежит расстрела: в день перед убийством его уведут.
Николай любил заниматься физическим трудом: пилить дрова, работать в саду, чистить лёд. После переезда в Екатеринбург всё это оказалось под запретом.
«Дом хороший, чистый, – писал в дневнике Николай. – Нам были отведены четыре большие комнаты: спальня угловая, уборная, рядом столовая с окнами в садик и с видом на низменную часть города и, наконец, просторная зала с аркою без дверей». Комендантом был Александр Авдеев – как рассказывали о нём, «большевик самый настоящий» (позже его заменит Яков Юровский). В инструкции по охране семьи говорилось: «Комендант должен иметь в виду, что Николай Романов и его семья являются советскими арестантами, поэтому в месте его содержания устанавливается соответствующий режим».
