В конце XVIII – начале XIX века межплеменная вражда ослабила киргизов. Этим воспользовалось воинственное Кокандское ханство. Кокандцы захватили территорию Чуйской долины и в 1825 году воздвигли здесь крепость, которая стала называться Пишпек (также по имени легендарного баатыра, звучание которого со временем видоизменилось). По другой версии, название крепости произошло от древнего названия горы – «Пишкух», или «Счастливая гора», – святое место, где издавна совершались различные обряды. Да и само имя легендарному киргизскому баатыру, возможно, дали в честь его рождения у горы Пишкух…
Крепость имела внушительный вид. Размещалась она на высоком холме, где ранее находилась цитадель средневекового города, занимала шесть гектаров. Опоясывал крепость бастион, стены которого достигали до четырех метров в толщину и около пяти в высоту. Бастион окружал ров, заполненный водой. За внешней стеной находилась центральная часть крепости, еще более укрепленная. Новые хозяева даже провели керамический трубопровод. На видном месте кокандцы возвели виселицу, которая возвышалась над глинобитными стенами, а внутри крепости построили мечеть и зиндан (подземная тюрьма) – для духовного и физического порабощения киргизского народа.
Пишпек был самой крупной кокандской крепостью в Чуйской долине, административно-политическим и торговым центром Кокандского ханства на киргизских землях. Здесь располагалась ставка кокандского бека. Крепость стала важным опорным пунктом ханства на этой территории. Выгодное ее расположение позволяло контролировать маршруты местных кочевников с летних пастбищ на зимние, а также проезжих торговцев в направлении Иссык-Куля и Семиречья и собирать таможенные платежи. Постепенно вокруг крепости стали селиться ремесленники и торговцы. К середине XIX века в Пишпеке насчитывалось около тысячи дворов.
Кокандцы жестоко угнетали чуйских киргизов. Между крепостным начальством и влиятельным манапом племени солто Байтиком постоянно возникали распри. Однажды киргизы пригласили кокандского наместника Рахматуллу в гости в аил Байтика. Во время пира произошла ссора. Рахматулла пытался сбежать, но его догнали манапские баатыры и смертельно ранили. Опасаясь мести, Байтик послал своего брата в Верный, где дислоцировался русский военный отряд. На помощь взбунтовавшимся киргизам пришли силы Колпаковского. Десять дней длилась осада Пишпека. Кокандцы упорно оборонялись, но им пришлось сдаться. Крепость разрушили, оборонительные сооружения уничтожили. А внешние стены разгромили киргизы из ближайших аилов.
В 1867 году Байтика пригласили в Москву и Петербург на годовщину коронации Александра II. Умер он в 1886 году. Киргизы сохранили добрую память о Байтике-баатыре. В начале XX века над его могилой воздвигли мавзолей.
За взятие Пишпека в 1862 году Герасима Алексеевича Колпаковского произвели в генерал-майоры. К 1863 году на территории Чуйской долины ликвидируется власть Кокандского ханства, а ее население входит в состав царской России.
Как русское военное укрепление крепость восстанавливать не стали. Местное население было настроено доброжелательно. В это время у крепостных стен проживали прежние жители, а также семьи бывшего гарнизона кокандской крепости. Там был создан небольшой военный пост. Солдаты построили конно-почтовую станцию и глинобитный редут. Почтовое сообщение стало натуральной повинностью киргизов, а станционные домики позже послужили основой для создания переселенческих поселков. На месте пишпекских развалин образовался укрепленный военный городок. Затем возле него появился небольшой торговый базар и возникло поселение, которое со временем укрупнялось и заселялось «пришлыми» людьми.
