После паломнической поездки на Афон Иннокентий Сибиряков окончательно убедился в правильности избранного пути и возвратился в Россию с бесповоротным решением о полном разрыве с миром и уходе в монастырь.
При вступлении на монашеский путь, прежде чем совершится постриг, послушник проходит искус (испытание) не менее двух лет. Иннокентий Михайлович проходит монастырский искус и сворачивает свои дела, обильно жертвуя свое имущество и наличные средства. Вместе с единомышленниками устраивает на Васильевском острове при Первом реальном училище придел Святителя Иннокентия Иркутского в храме Александра Невского. Со святым праведным Иоанном Кронштадтским учреждает при приходе петербургских выходцев из Сибири Православное братство во имя святителя Иннокентия Иркутского, жертвуя на его деятельность крупную сумму. Он сам будет одним из разработчиков проекта Устава Братства. Отца Иоанна Кронштадтского и Иннокентия Михайловича Сибирякова изберут первыми почетными членами Братства.
Наконец Иннокентий Михайлович Сибиряков передает все наличные средства иеромонаху Давиду. В этом же, 1896 году, меценат побывал на Валааме, пожертвовав монастырю начальный капитал в размере 10 тысяч рублей для устройства в Никоновой бухте Воскресенского скита и церкви в честь апостола Андрея Первозванного (о чем уже говорилось). Позднее валаамские иноки выстроят на указанном месте Воскресенский скит, нижний храм которого будет освящен в честь апостола Андрея. Тогда же пожертвование в 10 тысяч рублей было подано и в Коневский монастырь «лицом, пожелавшим остаться неизвестным». Всех пожертвований Иннокентия Сибирякова невозможно установить. Благотворитель любил творить милостыню в тайне.
В праздник Покрова Пресвятой Богородицы 1 октября 1896 г. отец Давид, к этому времени уже архимандрит, испытав усердие Иннокентия к иноческой жизни, постриг его в рясофор. Сразу после пострига инок Иннокентий (Сибиряков) уехал на Афон. Отец Давид оставался в Санкт-Петербурге, неся свое послушание. Он еще вернется на подворье в Санкт-Петербург, чтобы затем уже больше никогда не расставаться со своим духовным руководителем и, наконец, обосноваться на Святой Горе Афона. Недалеко от стен Свято-Андреевского скита будет устроен небольшой, но уютный, в два этажа, скит с церковью («добротная каменная келья с храмом»), где поселятся брат Иннокентий со своим духовным отцом – для жизни в строгом монашеском подвиге.
28 ноября 1898 г. архимандрит Давид постриг инока Иннокентия в мантию с новым именем Иоанн в честь Пророка и Предтечи Иоанна – Крестителя Господня. А 14 августа 1899 г. монах Иоанн (Сибиряков) принял постриг в великий ангельский чин – святую схиму – с именем Иннокентий в честь святителя Иннокентия Иркутского.
«Приняв великий постриг, – пишет один из первых биографов схимонаха Иннокентия (Сибирякова) монах Климент, – насельник Афонского Свято-Андреевского скита, отец Иннокентий проводил строго постническую и глубоко безмолвную аскетическую жизнь, беседуя лишь с Богом в молитвенных подвигах и наслаждаясь чтением душеполезных книг». И еще раз, через десять лет после смерти схимонаха, Климент скажет, что долго будут вспоминаться его братская любовь и неподдельное смирение, кои проявлялись у него во всех его поступках» [2, с. 51].
Попечением Иннокентия Михайловича Святая Гора получила дивной мощи и красоты Андреевский собор, самый крупный на Афоне, в Греции и на Балканах, рассчитанный на пять тысяч молящихся. Строительство этого храма обошлось Свято-Андреевскому скиту почти в 2 млн. рублей в исчислении того времени. Сооружение собора Андрея Первозванного занимает важнейшее место в ряду земных благодеяний выдающегося благотворителя.
