Решением Политбюро А. А. Кузнецов, М. И. Родионов и П. С. Попков снимаются со всех постов. Для разборки их дела создается комиссия в составе Маленкова, Хрущева и Шкирятова (человека Берии). Допросы обвиняемых вели не следователи МГБ, а члены партийной комиссии.
Имея целью уничтожить все русские кадры в высшем руководстве, члены партийной комиссии уже на первом этапе «привязывают» к этому делу председателя Госплана СССР Вознесенского.
Как вспоминает Н. К. Байбаков, в качестве компромата против Вознесенского была использована докладная записка председателя Госснаба СССР М. Т. Помазнева о занижении Госпланом СССР, который в то время возглавлял Вознесенский, плана промышленного производства на 1-й квартал 1949 г. С этого начинается организованная травля Вознесенского.
Назначенный в Госплан на должность уполномоченного ЦК ВКП(б) по кадрам Е. Е. Андреев летом 1949 г. представил записку об утере Госпланом за период 1944–1949 гг. ряда секретных документов. В записке на имя Сталина, составленной Берией, Маленковым и Булганиным, было сказано: «Товарищ Сталин, по Вашему указанию Вознесенского допросили и считаем, что он виновен».
9 сентября председатель Комитета партийного контроля, член комиссии по «ленинградскому делу» представляет Политбюро решение КПК: «Предлагаем исключить Н. А. Вознесенского из членов ЦК ВКП(б) и привлечь его к судебной ответственности».
Сначала Сталин был против ареста Вознесенского и Кузнецова, но Маленков и Берия сумели убедить его в необходимости этого шага.
В 1949 г. проходят массовые аресты руководящих русских кадров в центре и на местах, в т. ч. секретарей обкомов и председателей исполкомов. В Ленинграде, Москве, Крыму, Рязани, Ярославле, Мурманске, Горьком, Таллине, Пскове, Новгороде, Петрозаводске и в других городах по приказу Маленкова арестовываются люди, преимущественно выдвиженцы Жданова, бывшие в 40-е гг. в руководящем звене Ленинграда, их жены, родственники, друзья или просто сослуживцы. Только в Ленинградской обл. арестовано свыше 2 тыс чел.
Одним из первых был арестован (а впоследствии убит) первый секретарь Крымского обкома партии Н. В. Соловьев, энергично выступавший против создания на территории Крыма еврейской республики. Арестовывается и подвергается пыткам первый секретарь Ярославского обкома М. И. Турко.
Как впоследствии отмечалось в выводах специальной комиссии, изучившей это дело: «С целью получения вымышленных показаний о существовании в Ленинграде антипартийной группы Г. М. Маленков лично руководил ходом следствия по делу и принимал в допросах непосредственное участие. Ко всем арестованным применялись незаконные методы следствия, мучительные пытки, побои и истязания. Для создания видимости о существовании в Ленинграде антипартийной группировки по указанию Г. М. Маленкова были произведены массовые аресты… Более года арестованных готовили к суду, подвергали грубым издевательствам, зверским истязаниям, угрожали расправиться с семьями, помещали в карцер и т. д. Психологическая обработка усилилась накануне и в ходе самого судебного разбирательства. Подсудимых заставляли учить наизусть протоколы допросов и не отклоняться от заранее составленного сценария судебного фарса».
Антирусская группировка Маленкова—Хрущева—Берии превратила следствие по «ленинградскому делу» в сплошную череду пыток и издевательств над русскими кадрами.
