Однако ученый продолжал преподавать в МГПИ, начал он работать и в Московском государственном педагогическом институте имени В. И. Ленина. Возобновилась и активная научная работа. За предвоенные годы Селищев написал учебник старославянского языка, значительно переработал и расширил написанное в конце 20-х гг. и не изданное из-за господства марризма «Введение в изучение славянских языков», из одного тома получилось три, первый том успел выйти перед войной. Пытался он и переработать и дополнить «Язык революционной эпохи», написав большую статью «О языке современной деревни».
Началась война. Селищев отказался эвакуироваться и остался в Москве. С. Б. Бернштейн вспоминал, что его учитель был настроен очень патриотично и верил в победу. Его общественное и научное положение в это тяжелое время стало улучшаться: война вновь поставила и сделала актуальным вопрос о славянском единстве. Бывший «фашист», как его именовали на следствии, теперь пишет для нового журнала «Славяне» об «извечной борьбе славян против немецких варваров», выступает на иностранном вещании на Польшу, начинает писать брошюру «Гитлеризм и славяноведение». Он пишет докладную записку в ЦК об усилении изучения славянских языков и литератур, записка одобряется. Селищев заведует кафедрой славяно-русского языкознания в Пединституте им. Ленина и принимает поручение организовать кафедру славяноведения на воссозданном филологическом факультете МГУ. В лагере он уже имел звание ударника, а теперь свидетельство ударника получил на первомайском митинге 1942 г. в своем институте.
И одновременно с этим придирки и обиды со стороны милиции. С началом войны под подозрение попали все москвичи с неснятой судимостью. По этой причине В. В. Виноградов в августе 1941 г. был выслан из Москвы. Селищев избежал этой участи, но ему несколько раз отказывали в перерегистрации паспорта, дважды он посылал заявления на имя Л. П. Берии.
Афанасий Матвеевич остался до конца в Москве, но к прочим бедам прибавилась новая, от которой уже не могло быть спасения: рак. Еще в октябре 1942 г. он оппонировал на защите диссертации, а 6 декабря его не стало. Ему было 56 лет. Кафедра в МГУ открылась уже без него, ее возглавил его ученик С. Б. Бернштейн.
И на этом беды ученого еще не закончились. Оставшиеся на квартире одинокого холостяка рукописи, в том числе два неизданных тома «Введения в изучение славянских языков», пропали. Учебник старославянского языка при жизни автора был сдан в издательство и сохранился, но был признан противоречащим «новому учению» Н. Я. Марра, что опять задержало его издание. В 1948–1949 гг., во время последнего наступления марристов на своих противников в число «менделистов-вейсманистов-морганистов» от языкознания посмертно попал и Селищев, в том числе за то, что до конца жизни отстаивал родство славянских языков. А В. В. Виноградова и Р. И. Аванесова обвиняли, в числе прочего, в том, что опубликовали теплые слова его памяти. Лишь выступление И. В. Сталина в 1950 г., где прямо говорилось о родстве славянских языков, изменило оценки ученого, а учебник старославянского языка вышел в свет в 1952 г. и переиздается до сих пор.
Ученые-русисты и слависты всегда ценили Афанасия Матвеевича. Вот даже такой пример: во втором издании БСЭ соблюдалась табель о рангах: статьи об академиках украшали портретом, который члену-корреспонденту не полагался. А Селищеву (том вышел в начале 1956 г.) дали статью с обозначением его членом-корреспондентом, хотя он еще не был восстановлен в этом звании. И с портретом!
