Город Вильно был занят Наполеоном 16 июня 1812 г. Об общем положении французских войск и проблемах, с которыми им пришлось столкнуться уже на первом этапе войны, можно судить из следующих воспоминаний военного медика Франсуа Мерсье: «Вплоть до самой Вильны, куда я направился вслед за французским императором, мне ни разу не пришлось приниматься за выполнение своих профессиональных обязанностей. Но почти тотчас же по прибытии в этот город я получил приказание устроить госпитали для многочисленных больных, беспрерывно поступавших по мере прибытия туда различных отрядов армии. Развитие болезней являлось прямым последствием переутомления солдат и недостатка в пище. Уже тогда французские войска начинали чувствовать стеснения в самом необходимом, так как обозы, конечно, не могли поспевать за быстрыми передвижениями регулярного войска, а страна, опустошенная уже русской армией, была совершенно не в состоянии дать пропитание и следовавшим по их пятам французам. Еще более губительное влияние на здоровье солдат оказывала быстрая смена температуры. В течение последних дней июня почти не прекращались обильные, но холодные дожди, наступившие вслед за удушливой жарой. Проезжие дороги и вообще-то плохо содержатся в России; после же периода дождей они оказались окончательно размытыми, а сообщение по ним почти совершенно немыслимым. На одном пути от Ковно до Вильны у французской армии оказалось до тридцати тысяч отсталых, большинство которых по прибытии в г. Вильну тотчас же было размещено по госпиталям».
Этим словам Мерсье вторил и генерал Жиро де Л’Эн: «Страшная пыль, от которой ничего не было видно в двух шагах, попадала в глаза, уши, ложилась толстым слоем на лицо. Пыль и жара возбуждали сильную жажду, а воды не было. Поверят ли мне, что некоторые пили лошадиную мочу… Пыль поднимали шедшие впереди многочисленные колонны войска. Они шли в таком порядке: во всю ширину просторной, обсаженной деревьями дороги ехала артиллерия и экипажи; по бокам от нее двигалась сплошными колоннами построенная дивизиями пехота, имея по 8 человек в ряд. По бокам пехоты шла эскадронами кавалерия. Можно себе представить картину такой массы войск, двигавшихся в одном направлении!.. Армия везла за собой множество экипажей, и император в начале это терпел и даже поощрял, так как припасы, которыми они были нагружены, могли оказаться очень полезными для войск. Но теперь, когда, по его расчетам, эти припасы должны были уже истощиться и сами экипажи являлись для армии только бесполезным балластом, он отдал приказ сжечь их».
Наполеон, устроив текущие государственные дела в оккупированной Литве, а также организовав корпуса и упорядочив различные продовольственные дела, выехал из города вслед за своими войсками только в начале следующего месяца. Определенные дискуссии у историков вызывает достаточно длительное пребывание императора в Вильне. Но какие последствия имело это длительное пребывание императора в Литве для будущего исхода кампании? Часть историков и современников событий утверждают, что благодаря этому он дал возможность и время соединиться отдельным корпусам русской армии; другие же, признавая влияние этого промедления на дальнейшую судьбу кампании, все же указывают, что задержка Наполеона была вынужденной: ее вызвали совершенно непредвиденные обстоятельства.
