Действительно надежды верующих не были напрасны. Прошло уже около ста лет, когда Господь благоизволил чудесно прославить Своего верного служителя и подвижника. Это было самое тяжелое время для жителей Новгорода. При царе Иоанне Васильевиче Грозном и при Леониде, архиепископе Новгородском, 13 сентября, утром, в Отней обители вдруг загорелась хлебопекарня. Сильный ветер много способствовал пожару. Пламя, охватив все монастырские храмы с неудержимой силой распространялось все далее и далее. Огонь даже охватил Предтеченскую церковь, где была гробница с мощами святого Ионы. Видя такую опасность, двое простых людей, чтивших память святого архиепископа, бросились в Предтеченскую церковь, разобрали деревянное покрытие над гробницей и вынесли ее на монастырскую площадь. Тяжелый дубовый гроб показался им необыкновенно легким. Между тем огонь охватил все здание, бывшие около монастырской площадки, так что грозил самым мощам. Но удивительное зрелище представилось тогда всем: огонь почти совсем окружил гробницу, но ни мало ее не повредил. Некоторые пытались было унести гробницу, но не могли ее поднять. Тогда все поняли, что сам Господь невидимой Своей силой хранит мощи святого от огненного запалення.
Милосердный Господь благоволил и по смерти святителя прославлять его: от гроба его истекает река чудотворений. Всякий, кто припадал к раке мощей его или с верою призывал в молитвах его святое имя, получал исцеление, каким бы ни был одержим недугом. Упомянем здесь о важнейших чудотворениях святого Ионы.
Инок Отней обители Сильвестр с послушником Климом был однажды послан в Москву для подтверждения прежних царских грамот, кои он вез с собою. От Вышнего Волочка посланные отправились далее на лодке. Вместе с ними ехал один богатый купец. Кормчий, побуждаемой диаволом, решил воспользоваться деньгами, которые имел при себе купец. В бурном месте реки он направил лодку на камень. Лодка опрокинулась, и все, бывшие в ней, упали в воду. Кормчий за свой злой умысел был наказан праведным судом Божиим: он потонул, все же прочие стали один за другим выплывать к берегу. Спасся и послушник Клим. Наконец все собрались на берегу, не видно было только одного инока Сильвестра. Он не умел плавать. Все уже были уверены, что он погиб, как вдруг увидели свою лодку, прибитую волнами к берегу и в ней старца Сильвестра. Сие чудо поразило всех. Радовались иноки о своем спасении; одно печалило их: царские грамоты вместе с другими вещами пропали при крушении. Немало горевали они о том и взывали к святителю Ионе, прося его помочь им, и молитвы их были услышаны: при вечернем сумраке они заметили на поверхности реки какой-то плывший к берегу предмет. Осенив себя крестным знамением, Клим бросился в волны, и, подплыв, к великой своей радости, увидел кожаную сумку, в которой они везли царские грамоты. Вода чудным образом не испортила грамот; даже подписи царские были в полной сохранности. Возблагодарив Господа и Его угодника святого Иону, они отправились в дальнейший путь и, прибыв в Москву, скоро с успехом исполнили возложенное на них дело.
Однажды, в Смутное время, по реке Волхову плыли казаки, которые опустошали деревни и грабили жителей, не щадя никого. Они приблизились к монастырскому селению и уже намеревались напасть на него. Атаман спросил: кому принадлежит это селение. Один крестьянин, по имени Георгий, ответствовал:
