Ленин предлагал ликвидировать веру и церковь, Троцкий – за раскол, требовал привлечь духовенство и сделать его «советским», чтобы легче управлять церковью. 30 марта 1922 года Л. Д. Троцкий написал в Политбюро записку о политике по отношению к церкви, в которой предложил учредить «сменовеховское духовенство», но рассматривать его «как опаснейшего врага завтрашнего дня», а сейчас воспользоваться им для раскола и подавления церкви, «пропитанной крепостническими, бюрократическими тенденциями, не успевшей проделать буржуазной революции», пропитанной «открыто контрреволюционной с черносотенно-монархической идеологией». «Кампания по поводу голода для этого крайне выгодна, ибо заостряет все вопросы на судьбе церковных сокровищ, – писал Троцкий. – Мы должны, во-первых, заставить сменовеховских попов целиком и открыто связать свою судьбу с вопросом об изъятии ценностей; во-вторых, заставить довести их эту кампанию внутри церкви до полного организованного разрыва с черносотенной иерархией, до собственного нового собора и новых выборов иерархии» (Новый мир. 1994. № 8. С. 190). Троцкий разработал практические выводы для совещания секретарей губпарткомов и предгубисполкомов. Ленин написал записку для Политбюро, в которой высказался открыто и полностью, предложив назначить председателем комиссии М. И. Калинина: «Именно теперь и только теперь, когда в голодных местностях едят людей и на дорогах валяются сотни, если не тысячи трупов, мы можем (и поэтому должны) провести изъятие церковных ценностей с самой бешеной и беспощадной энергией и не останавливаясь подавлением какого угодно сопротивления… Чем большее число представителей реакционного духовенства и реакционной буржуазии удастся нам по этому поводу расстрелять, тем лучше. Надо именно теперь проучить эту публику так, чтобы на несколько десятков лет ни о каком сопротивлении они не смели и думать…» (Там же). Официально от имени правительства должен выступать только Калинин, никогда не должен в печати или публично – Троцкий.
Естественно, церковь, патриарх Тихон, священники, представители религиозной части многомиллионного крестьянства, мещанства и рабочего люда возражали против насильственного захвата церковного имущества, но заместитель председателя ГПУ Уншлихт докладывал, что арест синода и патриарха и выборы нового синода и патриарха сейчас вполне возможны, то есть была утверждена директива Л. Троцкого, изложенная в записке и принятая на заседании Политбюро 22 марта 1922 года. Л. Троцкий написал для интервью М. И. Калинина шесть разделов, которые должны появиться в печати, и отыскал епископа Антонина Грановского, согласного действовать по его указке и внёсшего свою лепту в этот раскол.
Всех «коноводов», возглавлявших сопротивление изъятию, приказано было расстрелять.
26 апреля в Московском трибунале под председательством М. Бека началось судебное расследование действий священников и мирян, оказывавших сопротивление изъятию церковных ценностей. Заседание проходило в Политехническом музее, но ночью на секретные заседания собирался президиум ГПУ в составе Уншлихта, Менжинского, Ягоды, Самсонова, Красикова и принимал свои решения, связанные с процессом в Политехническом музее.
4 мая 1922 года Политбюро рассмотрело вопрос «о московском процессе в связи с изъятием ценностей (тт. Троцкий, Каменев, Бек) и приняло строго секретное решение:
