Во время Азовских походов действовал во главе отдельного войска на берегах Нижнего Днепра. Там он взял турецкий городок-крепость Кизы-Кермень, после чего османы покинули на речных берегах три таких укрепленных городка.
В 1697–1699 годах выполнял важные царские поручения, находясь в дипломатической поездке по Европе. Им были доставлены петровские послания австрийскому императору Леопольду I, папе римскому Иннокентию XII, дожу Венеции и великому магистру (гроссмейстеру) Мальтийского ордена.
…С началом Северной войны ближнему боярину поручается формирование полков конного поместного (дворянского) ополчения, которое до начала Петровской эпохи являлось основой военной силы Московского государства. В сражении под Нарвой в 1700 году поместная конница себя не показала, хотя и совершила разведывательный рейд далеко в глубь Эстляндии.
…Виктория при Эрестфере резко изменила ход войны на бывших новгородских землях-пятинах и в Прибалтике. Генералу Шлиппенбаху с его 13-тысячным корпусом наносится еще одно сильное поражение при Гуммельсгофе. В том же 1702 году войска генерал-фельдмаршала Б.П. Шереметева взяли крепости Мариенбург и Нотебург. В следущем, 1703 году – Ниеншанц, древнерусские Ямбург (Ям), Копорье. Штурмом берется в Эстляндии хорошо укрепленный Везенберг. Лифляндия и Ингрия (Ингерманландия) полностью оказались в руках русских.
В 1704 году большим успехом стало взятие крепостного Дерпта. За ним последовала «вторая Нарва». В последних двух событиях Б.П. Шереметев по документам считался главнокомандующим русской армией, хотя в действительности ею командовал сам царь Петр I.
В 1705 году генерал-фельдмаршала с театра войны отправляют на подавление Астраханского восстания. Наградой ему стал (впервые в истории России) графский титул.
С началом Московского похода армии короля Карла XII полководец находится в главных силах русской армии. Участвует в сражении при Головчино. В Полтавской битве вновь значится как главнокомандующий. После Полтавы осаждал и брал город-крепость Ригу, которая капитулировала в июле 1710 года. Рига стала в полководческой биографии Бориса Петровича девятой взятой шведской крепостью.
В неудачном Прутском походе Шереметев вновь в роли главнокомандующего петровской армией. Та неудача трагичной строкой вошла в личную жизнь полководца: его сын был отдан туркам в заложники. Ему суждено было умереть на чужбине.
Показательно, что Петр I за Прутский поход, который лишил Россию Азовской крепости, Таганрогской морской гавани и Азовского флота, наградил всего трех человек. В числе их значился граф Б.П. Шереметев. После этого он вновь находится в рядах действующей армии, до последних дней жизни чувствуя к себе расположение Петра Великого. На это отношение не повлиял даже отказ Бориса Петровича в 1718 году от участия в суде над царевичем Алексеем.
Андреевский кавалер ушел из жизни в 1719 году, скончавшись в Москве. Он завещал похоронить себя рядом с сыном Михаилом в Киево-Печерской лавре. По указанию же Петра I полководец был похоронен в Северной столице России на кладбище Лазоревской церкви Александро-Невской лавры. При этом главнокомандующему русской армией в Северной войне были отданы все полагающиеся по такому случаю почести.
