При въезде в город случается несчастье – гибнет его жена Марианна. Галлер безутешен и старается заглушить горе интенсивным трудом: в качестве профессора он преподает на кафедрах анатомии, физиологии, хирургии, химии и ботаники. Он основывает анатомический театр и ботанический сад, родильный дом для бедных женщин, научное общество, журнал. Галлер развивает поразительную деятельность как по своему объему, так и по глубине, становится научным лидером Геттингенского университета, редактором Геттингенской газеты научных сообщений – органа Королевского научного общества, президентом которого он был до конца своей жизни. В 1739 году его назначают главным врачом Ганновера. В этом же году Галлер женится на Елизавете Бухер, но через год снова становится вдовцом, она погибает от родов. Галлер снова женится в 1741 году на Софии Тейхмайер, которая подарила ему восьмерых детей.
В 1739–1743 годах Галлер опубликовал 4 тома комментариев к учебнику своего учителя Бургава «Institutiones medical» («Установления медицины»). Там в 1743 году впервые появились его идеи о раздражимости и чувствительности как основных свойствах живой материи. В 1746–1747 годах. он привел современное объяснение механизма дыхания в работе «De respiratione experimenta anatomica», первым применяет термин «физиология» и использует метод физиологического эксперимента. Надо сказать, что со времен Галена не появилось ни одного толкового учебника физиологии. Галлер в 1747 году публикует учебник «Основы физиологии человека» («Fundamenta physiologiae humani»).
Король Англии Георг II в 1748 году посетил Геттинген и назначил Галлера своим государственным советником и лейб-медиком; Император Франц I пожаловал ему дворянство; его зовут в Утрехт, Оксфорд, Берлин, Галле, С.-Петербург. Его избирают почетным членом Академии наук (почетный член Петербургской АН 1776 г.) и научных обществ. На фоне такого бешеного успеха пришло и огорчение: шовинисты-профессора просят убрать иностранца Галлера из Геттингена.
Важнейшие работы Галлера были посвящены проблемам анатомии, особенно физиологии. Галлер тесно связал физиологические функции организма человека с его анатомическим строением, называя физиологию «оживленной анатомией» («anatomiu animata»). В 1751 году он издал двухтомное сочинение «Методы Бургава по изучению медицины», а в 1752 году разработал теорию, согласно которой органы живого тела обладают двумя основными свойствами: раздражимостью и чувствительностью.
Стоит сказать, что впервые ввел понятие раздражимости профессор Кембриджского университета Френсис Глиссон (1597–1677), английский врач, анатом и физиолог. Учение Глиссона о раздражимости связано с его философскими воззрениями, близкими к взглядам его современника Ф. Бэкона. Глиссон считал материю не инертной, а способной к самостоятельному движению и чувствительности. Он писал, что все части тела построены из волокон, которые способны воспринимать внешние воздействия и отвечать на них различными присущими им движениями (сокращениями, соковыделением и т. д.). К тому же он дал первое описание рахита (1650) и провел детальные исследования по анатомии печени (1654). Глиссон отвергал господствовавшее в его время учение Декарта о нервных «флюидах», экспериментально доказав его несостоятельность измерением объема мышц до и после сокращения (путем погружения ее в сосуд с водой).
