К миланским работам Леонардо относится и «Мадонна Литта», а также портреты придворных Лодовико Сфорца, известные как «Дама с горностаем», «Портрет музыканта», «Портрет девушки в профиль», «Дама с ферроньеркой». Когда в 1499 г. Милан был захвачен французской армией, художник уехал из города, взяв в попутчики одного из своих учеников Андреа Салаи и ближайшего на то время товарища, монаха-францисканца, великого математика Луку Пачоли. Так началась для Леонардо пора странствий. Посетив по дороге Мантую и Венецию, он весной 1500 г. вернулся во Флоренцию. Однако уже в 1502 г. да Винчи стал архитектором и генеральным инженером у Чезаре Борджиа, хитроумного политика, который при помощи своего отца, папы Александра VI, стремился добиться власти над всей Италией. Вместе с писателем и дипломатом Никколо Макиавелли, послом Флорентийской республики при Борджиа, Леонардо сопровождал завоевателя во время его военных кампаний: рисовал карты, проектировал оборонительные сооружения, делал наброски каналов. Но, видимо, кочевая армейская жизнь пришлась ему не по вкусу, так как вскоре художник покинул службу у Чезаре и весной 1503 г. вернулся во Флоренцию, где работал над росписью в зале Большого совета дворца Синьории («Битва при Ангиари»).
В 1506 г. Леонардо вновь приехал в Милан, где его принял на службу французский наместник Шарль д’Амбуаз, герцог Шомон, давний поклонник создателя «Тайной вечери», а год спустя сам Людовик XII даровал художнику титул «королевского живописца и инженера». Оправдывая полученное звание, мастер пишет несколько картин, среди которых «Святая Анна с Марией и младенцем Христом», «Леда с лебедем», «Иоанн Креститель» и другие. Часть из них была создана при значительной помощи воспитанников, что позволило Леонардо больше времени уделять своим научным изысканиям.
Надо сказать, что, хотя рядом с мастером всегда было немало юношей, которых он стремился обучить живописи, ни один из них не стал выдающимся художником. Вазари, характеризуя Леонардо, писал: «В своем великодушии он готов был приютить любого друга, будь он беден или богат, лишь бы только он обладал талантом и доблестью». И в то же время да Винчи был очень скрытным человеком, и о его частной жизни почти ничего не известно. И как это обычно бывает, отсутствие достоверных фактов заменяется домыслами и слухами. Иногда на основе косвенных материалов делались попытки обосновать предположения о гомосексуальных наклонностях художника. Одна из них, самая существенная, была предпринята 3. Фрейдом в его знаменитом эссе «Леонардо да Винчи и его воспоминания о детстве». Но если от теоретических рассуждений обратиться к фактам, то можно заключить, что рядом с художником всегда было немало красивых юношей – слуг, учеников, друзей (что само по себе еще ничего не доказывает). Прямым доказательством могло бы служить обвинение в совершении «безбожных поступков» с 17-летним натурщиком Джокобо Салтарелли, предъявленное Леонардо да Винчи и еще трем ученикам Верроккьо в 1476 г. Но суть происшедшего остается неясной. Доподлинно известно лишь то, что одного из своих учеников, молодого аристократа Франческо Мельци, да Винчи усыновил и сделал своим наследником. Ему он оставил все свои рукописи, насчитывающие около семи тысяч листов, которые юноша после смерти Леонардо оформил в виде трактата.
Жизнь в Милане вскоре осложнилась ввиду начавшейся войны, и, когда в 1513 г. имя папы Льва X принял Джованни Медичи, сын Лоренцо Великолепного, да Винчи, потерявший своего покровителя герцога Шомона, счел для себя лучшим уехать в Рим.
