Оба опальных кардинала бежали во Францию, где нашли приют у короля Филиппа IV Красивого. К тому времени властный французский король, всячески укреплявший свою неограниченную власть, успел испортить отношения с Бонифацием VIII, отстаивавшим примат духовной власти над светской. Спор папы с королем, все более и более обостряясь, привел в итоге к тому, что Бонифаций VIII принял решение предать французского короля анафеме. Но за день до публичного оглашения проклятия на папу напала группа римских аристократов во главе со Счиаро Колонна и сильно избила старика. Папу отстояли подоспевшие Орсини. Придя в себя, Бонифаций VIII все же проклял Филиппа Красивого, но через несколько недель он скончался – по одной версии, от причиненных побоев, по другой – был отравлен.
После смерти папы в Риме снова разгорелась ожесточенная борьба между двумя семействами. Накал страстей уже грозил самим устоям папского престола. Новый папа Бенедикт XI (1303–1304) был изгнан Орсини из Рима в Перуджу. Следующий папа, Климент V (1305–1314), избранный по настоянию короля Филиппа Красивого, перенес свою резиденцию в Авиньон.
Этот древний город на реке Рона во все времена находился на перекрестках истории. В эпоху Римской империи он был известен как Авеннио и являлся одним из трех главных городов Прованса (наряду с Арелатом-Арлем и Массилией-Марселем) и центром одного из первых христианских епископств на территории Франции. В 735 году Авиньон был завоеван арабами и отбит Карлом Мартеллом после кровавой осады в 737 году. Спустя два года арабы снова захватили город, и снова франки вернули его себе. В 932 году королевство Прованс было объединено с герцогством Бургундским, образовав королевство Арелат, вошедшее в 1033 году в состав Священной Римской империи.
Здесь перекрещивались речной торговый путь по Роне и сухопутный маршрут, соединявший Испанию с Италией. Авиньон издавна с выгодой для себя использовал это удобное положение, благосостояние его жителей росло еще и благодаря тому, что с 1129 года город являлся самоуправляемой коммуной. Этот статус Авиньона подтвердил в 1161 году император Фридрих Барбаросса. Главой города номинально являлся авиньонский епископ, но реально власть находилась в руках городского совета в составе 8 человек. Для обсуждения важных вопросов созывалось общегородское собрание, которое собиралось у подножия лестницы Св. Анны, соединявшей берег Роны с кафедральным собором Нотр-Дам.
Однако вспыхнувший конфликт между Раймондом VI, графом Тулузским, и королем Франции Людовиком VIII опрокинул порядок вещей. Коммуна Авиньона решительно выступила на стороне графа Тулузского. В июне 1226 года к городу подошла армия французского короля, и 12 сентября, после трех месяцев осады, город сдался. По условиям сдачи городские укрепления были разрушены, 300 авиньонских рыцарей казнены, а самые знатные горожане взяты в качестве заложников. Эпоха самоуправления завершилась, и с 1229 года Авиньон перешел во владение герцогов Анжуйских.
К началу XIV столетия город уже оправился от этих событий. В Авиньоне насчитывалось от 4 до 8 тыс. жителей, его снова окружало двойное кольцо мощных крепостных стен, под защитой которых находились резиденция епископа, 7 церквей, замок рыцарей-госпитальеров, несколько женских монастырей и университет (1303). Позднее Авиньон перешел в собственность королевы Иоанны Неаполитанской, которая усыновила герцога Людовика Анжуйского. Папа римский Климент VI (1342–1352) выкупил у нее Авиньон за 80 тысяч золотых флоринов.
