Через некоторое время порядок в Риме был восстановлен. По окончании консульства сенат продлил Помпею срок управления провинциями еще на четыре года и выделил ему по тысяче талантов в год на содержание войска. Таким образом, положение Помпея стало гораздо более выгодным, чем у Цезаря, срок полномочий которого в Галлии подходил к концу. Цезарь же находился в затруднительном положении. Оптиматы грозили привлечь его к суду сразу после возвращения из провинций. Для того чтобы избежать суда, Цезарь должен был либо добиться продления своих полномочий, либо стать консулом. Но добиваться должности консула заочно он не мог, об этом позаботился Помпей, проведя соответствующий закон. Под предлогом продолжения войны с парфянами Помпей также потребовал у Цезаря вернуть данные ему на время легионы. Получив требование, Цезарь сразу отпустил эти войска, предварительно щедро наградив каждого воина. Бдительность Помпея усыпили также рассказы некоего Аппия, приведшего легионы от Цезаря. Он ввел Помпея в заблуждение, заявляя, что войска недовольны командованием Цезаря и готовы подчиниться Помпею. После этих событий Помпей окончательно успокоился, считая, что его противник побежден, он открыто издевался над теми, кто боялся войны. На вопрос же, где войско, которое будет сражаться против Цезаря, если тот пойдет на Рим, отвечал, что стоит ему только топнуть ногой в любом месте Италии, как тотчас из-под земли появится войско.
Но Цезарь не собирался сдаваться. Ему удалось подкупить многих должностных лиц, среди которых были консул Павел и народный трибун Курион и его друг Марк Антоний. Они старались оттянуть сроки рассмотрения сенатом вопроса о смене командования в Галлии. Кроме того, они внесли довольно разумное предложение: либо лишить Помпея командования вместе с Цезарем, либо не лишать командования обоих. Но оптиматы и Помпей добились того, что это предложение не прошло. Помпей начал набирать войско, но здесь не все пошло так гладко, как он предполагал. Гражданская война вряд ли могла бы принести солдатам славу и деньги. Большинство воинов стали требовать примирения соперников.
Цезарь тем самым выиграл время, успел подвести часть войск к границе, захватил город Аримин и, перейдя Рубикон, повел свои войска на Рим. Как только об этом стало известно в Риме, сенат обратился к Помпею. Но основные войска Помпея находились в Испании и Ливии, и защищать столицу было некому. Один из сенаторов, напомнив о бахвальстве Помпея, предложил ему «топнуть ногой». Помпею ничего не оставалось, как снести эту горькую насмешку. С подачи Катона Помпея назначили главнокомандующим с неограниченными полномочиями. К своему предложению Катон прибавил, что виновник случившихся несчастий сам должен положить им конец.
Тем временем по всей Италии и в самом Риме началась паника и беспорядки. Помпей не смог навести в городе порядок и в конце концов, призвав сенаторов следовать за собой, покинул Рим. Через несколько дней в город вошел со своими войсками Цезарь. Надо отметить, что он, вопреки опасениям, повел себя достаточно мягко, чем вызвал расположение жителей Рима. Захватив государственную казну, Цезарь бросился преследовать Помпея, стремясь изгнать его из Италии до прибытия испанских войск.
Помпей захватил прибрежный город Брундизий, отправил своих доверенных лиц в Сирию собирать флот, а сам переправился в Грецию, где рассчитывал дождаться прибытия войск из Испании. Многие, в том числе и Цезарь, считают, что этот поступок Помпея был ошибкой. Имея в своем распоряжении укрепленный город и ожидая прибытия большого подкрепления из Испании, он все-таки решил покинуть Италию.
