Губернатор Камчатки генерал Павел Иванович Кошелев прибыл в Петропавловск 12 августа с шестьюдесятью солдатами, которых взял с собой по требованию камергера Николая Петровича Резанова. Посланник в Японию Резанов в присутствии губернатора и десяти офицеров назвал Ивана Фёдоровича Крузенштерна бунтовщиком, разбойником, грозил ему казнью на эшафоте, а остальным офицерам угрожал вечной ссылкой в Сибирь. После таких оскорблений Крузенштерн сказал, что такие люди не могут командовать государевым кораблём. Попросил его сковать как преступника и отослать для суда в Санкт-Петербург. Посланник в Японию ничего слышать не хотел. Говорил, что поедет в столицу для присылки из Сената судей, а Крузенштерн пусть гниёт на Камчатке.
Иван Фёдорович пишет с горечью о Резанове: «Два года мучил он меня и караулил секунду, чтобы похитить честное имя моё. При всём страдании моём взял я всевозможное терпение, и я смело утверждаю, что никогда не отходил от правил честного человека».
Умный и честный генерал Павел Иванович Кошелев сумел примирить стороны. Причину своего примирения с камергером Резановым начальник первого русского кругосветного путешествия Иван Фёдорович Крузенштерн объясняет так: «Экспедиция сия есть первое предприятие сего рода россиян; должна ли бы она рушиться от несогласия двух частных? Экспедиция сия, обратив внимание всей Европы, должна ли остаться позором России? Все офицеры и матросы оставили Россию с тем, чтобы идти со мной и со мною же возвратиться: то после сего несчастья мог ли я быть порукой судьбе их? Я, которому сказано плыть на Камчатку, согласился примириться, но с тем, чтоб он при всех просил у меня прощения, чтоб в оправдание моё испросил бы и у государя прощение, что обнёс меня невинно». Примирение произошло в доме коменданта Петропавловска капитана Крупского, куда Иван Фёдорович Крузенштерн явился вместе с офицерами шлюпов «Надежда» в полной парадной форме. «Сей день был днём радости для всякого подчинённого, развязавшего судьбу многих. Начались обеды, ужины и вечеринки, а затем стали спешить с приготовлениями к японской экспедиции», —писал современник.
6-го сентября 1804 года шлюп «Надежда» снялся с якоря в Петропавловске и отправился в путь к берегам Японии. Утром 11-го сентября пошёл дождь при сильном восточном ветре, а затем начался шторм. В пять часов дня он уже свирепствовал вовсю. Утром шторм стих. Начал понемногу дуть свежий северный ветер, но Иван Фёдорович Крузенштерн не мог им воспользоваться из-за сильной зыби с востока. Во время шторма в корабле открылась большая течь, хотя на Камчатке он был тщательно проконопачен поверх медной обшивки. Позднее, в Нагасаки установили, что течь находится под медной обшивкой.
15-го сентября ненадолго показалось солнце. Скоро снова настала бурная погода. Дождь шёл непрерывно. Волнение на море было сильное. Попутный ветер гнал корабль вперёд со скоростью 8—9 узлов (17—19 километров) в час. Однако при большей скорости значительно увеличивалась течь. Температура воздуха поднялась до двадцати градусов тепла.
24-го сентября было первым хорошим днём с момента отплытия с Камчатки. Астроном Иоганн Каспар Горнер тотчас воспользовался этим обстоятельством для проверки хронометров.
