Микоян насторожил Сталина своей позицией по «плану Маршалла». Как известно, так назвали «Программу восстановления Европы», которую выдвинул в 1947 году госсекретарь США Дж. К. Маршалл. В её рамках США осуществили широкомасштабное финансовое вливание в европейские страны, находящиеся в послевоенной разрухе. И вроде бы помощь была безвозмездная, однако США преследовали свою выгоду – экономическую и политическую. Американские средства, данные европейским странам, использовались для закупки американских же товаров. То есть «денежка» по большей части вернулась обратно в Штаты. При этом сам европейский рынок оказался под контролем американцев, которые сумели сбыть множество «ненужных» товаров. В политическом же плане всё было ещё хлеще. Перед европейскими странами поставили достаточно жесткие условия – например, удалить из послевоенных коалиционных правительств деятелей европейских компартий. Кроме того, Штаты настояли на сворачивании национализации и т. д.
На первых порах советское правительство вполне допускало принятие «плана Маршалла». Его сторонником был Молотов, но он считал, что план приемлем только как некое второе издание ленд-лиза. Однако в США категорически отрицали какие-либо параллели с ленд-лизом. Так, эта позиция была категорически заявлена заместителем госсекретаря США У. Клейтоном на переговорах с британскими руководителями 25 июня 1947 года. Получалось, что США желают установить политико-экономический контроль над СССР, и это для Москвы было неприемлемо.
А вот для Микояна политический аспект, судя по всему, значил не так уж и много. Его сын, Серго Микоян вспоминает: «Отец уговаривал Сталина принять предложение о вступлении в него (речь о плане Маршалла)! …Отец убеждал, что рычаги власти – твердо в руках Москвы, а экономическое восстановление ускорится, положение народа улучшится много быстрее, и это самое главное. Но все же последнее слово Сталина было «нет»…».
Здесь весьма ярко проявилась «наивность» Микояна, если только такое слово применимо к таким людям. Он думал, в первую очередь, об экономическом результате, упуская из виду возможные политические риски.
«Рычаги власти – твердо в руках Москвы», а значит всё в порядке, можно ни о чём не беспокоиться. Между тем стоило бы только начать пользоваться «безвозмездными» финансами Запада, как очень быстро наступило бы «наркотическое» привыкание. И потом можно было бы уже выдвигать политические требования – сначала незначительные, а потом и весьма масштабные. Очевидно, вот эта вот «наивность» Микояна Сталина и раздражала, настораживала. Ну, а когда этот «эпизод» наложился на позицию, занятую в отношении продуктообмена, то это вылилось в опалу – Микояна не пустили на самый верх партийной иерархии, в бюро Президиума ЦК. Правда, надо сказать, что опала эта была достаточно мягкой – с А. А. Кузнецовым и всей «ленинградской группой» поступили намного более жёстко.
После смерти Сталина сохранил должность заместителя председателя Совета Министров и возглавил министерство внутренней и внешней торговли, образованное тогда же объединением министерства внешней торговли и министерства торговли. 24 августа того же года оно было опять разъединено, Микоян стал министром торговли. Был единственным человеком, кто проголосовал против отставки Берии. Также он первым до Хрущёва выступил с осуждением культа личности Сталина. В конечном итоге поддержал Хрущёва в осуждении Сталина. Так, во время съезда выступил фактически с антисталинской речью (хотя и не называя Сталина по имени), заявив о существовании «культа личности», подчеркнув необходимость мирного сосуществования с Западом и мирного пути к социализму, подвергнув критике труды Сталина – «Краткий курс истории ВКП(б)» и «Экономические проблемы социализма в СССР».
