Вероятно, после смерти Сталина Микоян вздохнул с облегчением. Но он всё равно продолжал вести себя очень осторожно, ведь непонятно было, кто возьмёт вверх. Когда решали, что делать с Берия, то Микоян признал его виновность, но одновременно выразил надежду, что «потерявший доверие» Лаврентий Павлович «учтёт критику». Не торопился Микоян и с поддержкой десталинизации, которую затеял Хрущёв.
Причем надо заметить, что в организации репрессий Микоян принимал активнейшее участие (как и «разоблачитель» Хрущёв), несмотря на свой, вроде бы совсем уж «мирный» статус.
Он санкционировал и даже был инициатором ареста сотен работников наркоматов внешней торговли и пищевой промышленности. В 1937 году Микоян выезжал в Армянскую ССР для «чистки» местных кадров. Он же возглавлял комиссию по обвинению в контрреволюции видных партийцев и был содокладчиком наркома внутренних дел Н.И. Ежова на февральско-мартовском пленуме ЦК (1937 год) по делу Н.И. Бухарина. И почему-то именно ему доверили выступать от имени Политбюро ЦК на торжественном активе НКВД, посвященном двадцатилетнему юбилею «органов».
После смерти Сталина Микоян пытается реализовать себя в области внешней политики. И здесь он занимает довольно-таки либеральную позицию в отношении восточноевропейских стран. Когда начались выступления в Венгрии и Польше в 1956 году, Анастас Иванович высказал сомнение в целесообразности задействовать войска. Он считал, что тамошние страны сами должны разобраться со своими проблемами. Скорее всего, ему казалось менее хлопотным и более эффективным перестать нажимать на политические рычаги, упирая на экономику.
Микоян допустил очень большую ошибку, явно переоценив возможности венгерского руководства. Вместе с М.А. Сусловым он прибыл в Венгрию 24 октября, и оттуда они давали во многом неверную информацию. Так, было доложено, что тамошнее руководство слишком уж высокого мнения о своих противниках, тогда как «все очаги повстанцев подавлены, идет ликвидация самого главного очага на радиостанции, где сосредоточено около 4 тысяч человек». В дальнейшем Микоян и Суслов были вынуждены констатировать резкое ухудшение обстановки. Но даже и 30 октября, накануне своего возвращения в Москву, они сообщали в Кремль, что так и не имеют окончательной точки зрения на сложившуюся ситуацию. Это, конечно, потрясающий пример недостатка политической воли (пусть и в одном, конкретном «эпизоде»), который был следствием «либерализма».
А.И. Микоян был наиболее характерным представителем прослойки партийно-государственных технократов, порожденных промышленной модернизацией. Их энергичность, деловитость и аскетизм немало способствовали подъему страны. Однако их узкий прагматизм препятствовал дальнейшей модернизации. В условиях же непрекращающейся западной экспансии он вёл к компромиссам, зачастую неоправданным, и попытке решать многие сложные проблемы путём «импорта» (в самом широком смысле) с Запада. Сначала это был импорт товаров, потом пришло время импорта идей и моделей.
Н. С. Хрущёв уже в 1954 году поручил Микояну дипломатическую задачу: как человек, не ассоциировавшийся со сталинской внешней политикой, он был направлен в Югославию для урегулирования отношений с Тито.
Перед ХХ съездом КПСС (февраль 1956 г.) предложил Н. С. Хрущеву создать комиссию по расследованию сталинских репрессий. Возглавил первую комиссию по реабилитации жертв политических репрессий.
