Мировоззренческое противостояние Аристотеля способам «умопостижения» платоновских идей вылилось в его значительное внимание к фактам природы. Именно этим античное естествознание обязано появлению выдающихся трудов Стагирита – «О частях животных» (Περί ζψων μορίων), «Происхождение животных» (Περί ζψων γενέσεως), «История животных» (Περί τά ζώα ίστορίαι). Хотя Аристотелю иногда приписывают разработку первой научной классификации животных (Russe, 1916), ни в одной из своих книг он не даёт их развёрнутую систему; только сопоставляя указанные произведения, можно вывести её в некой простейшей сводной форме (Meyer, 1855; Карпов, 1937; Руководство…, 1937; Лункевич, 1960; Рожанский, 1979; Pellegrin, 1982; Старостин, 1996; Орлов, 20066). Как из вышеизложенного метода, так и из содержания конкретных классификаций видно, что эти последние – результат не логического членения, а скорее выделения «очевидных» групп, порождённых народной систематикой. Формально это выглядит как одновременное использование нескольких оснований деления, «пересечения» которых как раз и дают достаточно естественные группы. Поэтому их выделение и существенные признаки нередко выглядят как явное нарушение формальной логики, если того требует «природа вещей», как её понимает Аристотель. Он подчёркивает, что задача состоит в том, чтобы различать естественные группы (роды), а не формально делить их: «нечто, принадлежащее к одному роду, не должно быть разделено, – дихотомическое деление будет ошибочно» (Аристотель, 1937, с. 43); поскольку «каждый из… родов определяется многими отличительными признаками, а не по правилу дихотомии…, правильнее делить по многим признакам» (op. cit., с. 46). Такие группы для Аристотеля и есть «естественные роды», а полученные формально-дихотомически – просто «группы». Так, в род «Животные безногие, водные, дышащие лёгкими» (китообразные) он добавляет ластоногих: они хотя и не вполне безногие, но с «изуродованными ногами». Поэтому в схемах Аристотеля нередко присутствует не дихотомическая иерархия, очевидные намёки на которую присутствуют у Платона, а политомия: так, род «Животные с кровью» он делит сразу на пять промежуточных родов одного уровня. Сходный аргумент используется и для обоснования классифицирования по «отрицательным признакам», что немыслимо с точки зрения платонизма (не может быть «идеи отсутствия чего-то»): «в лишении как таковом нет никакого различия… ибо в этом случае отсутствие чего-либо образует отличительный признак» (op. cit., с. 43). Это расхождение между следованием логике и естеству обозначено как «проблема Аристотеля», с ней систематика будет сталкиваться на протяжении всей своей истории (Sloan, 1972; Ereshefsky, 2001b).
По Аристотелю, все животные делятся на бескровных и с кровью. Животные бескровные делятся на роды Мягкотелых (ракообразные), Черепокожих (моллюски кроме головоногих) и Насекомых; сюда же отнесена некая сборная группа, позже названная Зоофиты. Животные с кровью (позвоночные) делятся по способу рождения, конечностям, покровам; к признакам некоторых «очевидных» высших родов Стагирит добавляет дополнительные характеристики. Соответственно выделяются: Четвероногие с волосами (млекопитающие); Яйцеродящие четвероногие или безногие, со щитками на коже («гады», т. е. рептилии и амфибии); Яйцеродящие двуногие, летающие, с перьями (птицы); Живородящие безногие, водные, дышащие лёгкими (киты и дельфины, тюлени); Яйцеродящие, редко живородящие, безногие, водные, с жабрами (рыбы). Примечательно, что формальный анализ аристотелевских групп животных, проведённый методами кладистики, показал, что не менее половины из них отвечают критерию монофилии, т. е. является естественными также и филогенетически (Lieven, Humar, 2008).
