Сэм Фишер, старейшина племени неперсе, живший в самом сердце лошадиной страны – в устье реки Палуза, в течение почти семидесяти лет разводил лошадей этой породы. Он говорил, что даже лучшие производители далеко не каждый раз «попадают в десятку», и окрас лошади зависит от множества причин. Фишер утверждал, что порода аппалуза целенаправленно и тщательно выводилась на протяжении целых ста лет, и для того, чтобы закрепить особенности окраса, селекционеры неперсе использовали особенно сильную «магию». Эта «магия» состояла в постановке отметин на беременной кобыле особенной краской, смешанной на основе секретных формул, которая вместе с магическими заклинаниями применялась «в подходящий момент». Сначала шаман опускал свой большой палец, а затем и все пальцы в краску, потом прикладывал большой палец к бедренной кости кобылы и делал отпечаток всеми пальцами кисти. И так трижды с определёнными интервалами. Ожидалось, что жеребёнок будет иметь отметины пяти пальцев на бедре, в дополнение к остальным пятнам. Отмеченный подобным образом жеребёнок признавался превосходным экземпляром, который впоследствии будет приносить хорошее потомство.
Чтобы предотвратить внеплановое скрещивание и сделать жеребцов более спокойными, их кастрировали, причем это действие сопровождалось особыми церемониями. На Севере Равнин среди специалистов в этой области выделялись плоскоголовые. Они утверждали, что переняли технику кастрирования от испанцев. Хидатса, сиу и многие другие племена считали, что мерины более покладисты и выносливы. Однако некоторые племена ценили жеребцов выше меринов, и, как следствие, «стерилизацию» не применяли. Так, навахо предпочитали покладистых лошадей, а апачи любили норовистых, особенно если дело касалось боевых действий. Воины команчей тоже считали кобыл предназначенными исключительно для женщин, и могли ездить на них только в случае крайней необходимости. В бой или на парад они отправлялись исключительно на жеребцах или меринах.
В селекционной работе индейцы тщательно подбирали лишь жеребцов, не уделяя внимания кобылам (исключение составляли неперсе). И только некоторые племена осознанно занимались селекцией. Например, сарси (дальние северные родственники апачей), несмотря на позднее знакомство с лошадьми, были хорошими коневодами, а кри не делали никаких попыток управлять размножением.
Фрэнк Доби утверждал, что «хорошие лошади были более обильны среди северных племён, чем среди южных, хотя первоисточник их был один». Он также считал, что менее жаркий климат и обильные травой пастбища Северных Равнин, особенно района Монтаны, способствовали общему хорошему состоянию табунов. Это не совсем так. Действительно, лошади района Монтаны были намного лучшими, чем пони Южной Дакоты, но лошади команчей и кайовов ни в чём не уступали первым, а часто и превосходили. В то же время лошадки Юго-Запада, которых, вероятно, и имел в виду Доби, явно уступали в экстерьере лошадям Северо-Западных Равнин. На Юго-Западе не занимались селекцией, предпочитая получать лошадей из Мексики. Навахо утверждали, что человек не имеет права вмешиваться в численность животных, созданных богами. К тому же, засушливый климат этой территории не слишком способствовал приобретению нужного экстерьера.
Армейские лошади, которых кормили зерном, были тяжелее, медлительнее и слабее выросших на траве индейских пони. Когда в 1867 году Седьмой кавалерийский полк Кастера и союзные пауни охотились за отрядом сиу, они быстро поняли, что просто не в состоянии гоняться за столь подвижным противником, лошади которого более приспособлены к этой пустынной местности. То же самое произошло с полком генерала Альфреда Сулли, когда он следующей весной вторгся на индейскую территорию.
