В бытность Лаврентия Павловича во главе ГПУ Грузии он был не чужд либерализма. Так, Берия постоянно воевал с партийным руководством Грузии по поводу «перегибов» в антирелигиозной кампании, причем не только по отношению к мусульманам. 3 мая 1929 года в специальной докладной записке «О грузинской церкви» он требовал: «Разослать циркулярное письмо местным парторганизациям, подтвердив еще раз методы и рамки антирелигиозной пропаганды с предложением прекратить всяческие безобразия, которые провоцируют политику нашей партии и вызывают озлобление довольно лояльного грузинского духовенства и верующих к Советской власти. Предложить по советской линии несколько ослабить налоговый нажим на духовенство и ни в коем случае не производить арестов представителей последнего без соответствующей санкции со стороны ГПУ. Предложить прокуратуре расследовать все случаи ограбления и поджогов церквей и виновных привлечь к ответственности. Считать абсолютно необходимым вопросы отобрания и закрытия церквей согласовывать с местными органами ГПУ в целях избежания возможных ошибок и систематического разложения грузинского духовенства».
Лаврентий Павлович разъяснял, как ему удалось приручить грузинскую церковь, несмотря на то, что католикос открыто выступал против Советской власти и поддерживал меньшевиков: «Длительной нашей работой нам удалось создать оппозицию католикосу Амвросию и тогдашней руководящей группе грузинской церкви, и лишь только в 1927 году в январе месяце удалось полностью вырвать из рук Амвросия бразды правления грузинской церковью и вместе с его приверженцами удалить от руководящей роли в Грузинской церкви. В апреле месяце – после смерти католикоса Амвросия, католикосом был избран митрополит Христофор, вполне лояльно относящийся к Соввласти, и уже собор, избравший Христофора, декларировал свое лояльное отношение к власти и осудил политику и деятельность Амвросия, в частности, и грузинскую эмиграцию».
Берия полагал, что после 1920 года «форсирование закрытия церквей, нажим на грузинское духовенство являлись ответом на отношение к власти духовенства. Даже и в этот период церкви закрывались не путем прямого административного постановления, а подводилась невыполнимая норма численности прихода для регистрации церкви и при невыполнении ее церковь признавалась бездействующей и закрывалась… Грузинская церковь, несмотря на свое лояльное отношение к власти, влачит жалкое существование. Массовые ограбления церквей, поджоги и разгромы их, насилия местных властей, нередко с участием партийных и комсомольских организаций, приводят церкви к совершенному разрушению, а непосильное налоговое обложение заставляет грузинское духовенство отречься от церкви и искать новые пути заработка. Лишение духовенства самых элементарных прав, как то: свободы передвижения, без арестов и административных высылок, поставило грузинскую церковь перед фактом невозможности существования… Грузинская церковь стирается с лица земли… Творимые безобразия невероятны в правовом государстве… Мы имеем весьма достоверные факты и случаи использования меньшевистской нелегальной организацией творимых безобразий вокруг грузинской церкви для демонстраций против Соввласти и дискредитации местных партийных и комсомольских организаций».
Лаврентий Павлович пытался внушить своим партийным товарищам: раньше, при строптивом католикосе Амвросии, церковь прижимали правильно, но все-таки аккуратнее, чем сейчас, но зачем же продолжать сводить ее к ногтю теперь, когда теперь грузинской церковью руководят свои люди? Думаю, что в 1943 году Сталин именно по совету Берии ослабил гонения на Русскую православную церковь, пойдя на опробованный 16 годами ранее в Грузии вариант и поставив во главе церкви карманного патриарха, синод и утверждаемых органами госбезопасности епископов.
