Хотя действия командующего русской армии Барклая-де-Толли с точки зрения стратегии и тактики были верными, однако непрерывное отступление вызывало в стране всеобщее недовольство. Некоторые даже обвиняли Барклая-де-Толли в измене. Это вынудило Александра I в августе 1812 года назначить главнокомандующим всеми действующими армиями графа Кутузова, имя которого было особенно популярно в связи с его победами над турками и заключением почётного для России Бухарестского мирного договора.
Кутузов прибыл к армиям в Царёво Займище 17 (29) августа, отверг выбранную Барклаем-де-Толли оборонительную позицию и приказал отходить. Новая позиция была найдена генерал-квартирмейстером 1-й армии Толем у села Бородино.
Русская армия расположилась на позиции, прикрыв главное направление – Новую Смоленскую дорогу, правый фланг был прикрыт крутым берегом реки Колочь, а также построенными укреплениями у деревни Маслово. На левом фланге были возведены полевые укрепления – на крайнем левом фланге редут на высоте у деревни Шевардино, позднее на Семеновских высотах три флеши, а в центре позиции – Курганная батарея. Позицию вправо от Курганной батареи заняли 2-й, 4-й и 6-й пехотные корпуса 1-й армии, слева – 7-й и 8-й пехотные корпуса 2-й армии. В резерве оставались 3-й и 5-й корпуса 1-й армии. 25 августа (6 сентября) 3-й корпус был переведен на крайнюю оконечность левого фланга для прикрытия Старой Смоленской дороги. Во второй линии за пехотными корпусами встали кавалерийские корпуса, а резерве оставались 1-я и 2-я кирасирские дивизии. Русская армия насчитывала около 132 тысяч человек, включая ополчение и казаков, 624 орудия.
24 августа (5 сентября) 1812 года к полю сражения подошли части «Великой армии»: главные силы шли по Новой Смоленской дороге, 4-й корпус Богарне шёл севернее по второстепенным дорогам, а 5-й польский корпус Понятовского – по Старой Смоленской дороге. Головные дивизии из корпуса Даву с марша развернулись и атаковали Шевардинский редут. Атака пехотных дивизий была поддержана кавалерией Мюрата и польскими уланами Понятовского. Французы дважды врывались в редут, и каждый раз пехота генерал-лейтенанта Неверовского выбивала их. Ближе к вечеру французам снова удалось овладеть редутом и ворваться в деревню Шевардино, однако русские резервы из 2-й гренадерской и 2-й сводно-гренадерской дивизий смогли отбить редут. Бой шёл до темноты. По приказу Кутузова русская армия, оставив редут, отошла на линию Семёновских высот.
Общая численность французской армии к началу Бородинского сражения составляла примерно 138—140 тысяч человек и 587 орудий. Если оценивать качественный состав двух армий, то нужно признать, что французская армия имела превосходство, так как её пехота состояла в основном из опытных солдат, которые уже участвовали во многих сражениях, тогда как у русских было много новобранцев. Кроме того, преимущество французам давало значительное превосходство в тяжёлой кирасирской кавалерии.
Весь день 25 августа (6 сентября) войска обеих сторон готовились к предстоящему сражению. Шевардинский бой дал возможность русским войскам выиграть время для завершения оборонительных работ на бородинской позиции, позволил уточнить группировку сил французских войск и направление их главного удара. Оставив Шевардинский редут, 2-я армия Багратиона отодвинула левый фланг за реку Каменку, и боевой порядок армии принял форму тупого угла. Оба фланга русской позиции занимали примерно по 4 км, но были неравнозначны. Правый фланг образовывала 1-я армия Барклая-де-Толли в составе 3 пехотных, 3 кавалерийских корпусов и резервов (примерно 77 тысяч человек), фронт его позиции прикрывала река Колоча. Левый фланг образовывала меньшая по численности 2-я армия Багратиона (примерно 35 тысяч человек). Кроме того, левый фланг не имел таких сильных естественных препятствий перед фронтом, как правый.
