По мере того как определялся перелом в борьбе в пользу Красной армии, росли ряды партизан. Происходили изменения и в руководстве партизанским движением. Они были связаны с тем, что советские войска двинулись на запад. 7 марта 1943 года Центральный штаб партизанского движения был расформирован, и руководство партизанами передано республиканским и областным штабам. Это объяснялось тем, что после Сталинградской победы Сталин надеялся, что в самое ближайшее время вся территория СССР будет освобождена от немцев. Местные штабы партизанского движения должны были координировать действия партизан и войск соответствующих фронтов, а затем руководить восстановлением органов советской власти на освобожденных территориях. Однако позднее в марте Красная армия потерпела серьезное поражение под Харьковом, и стало ясно, что освобождение оккупированных территорий откладывается. Надо было по-прежнему координировать из центра снабжение и действия партизанских отрядов, которым предстояло еще много месяцев бороться в тылу врага. Поэтому 17 апреля 1943 года был воссоздан Центральный штаб партизанского движения во главе с все тем же Пономаренко. Но теперь из его подчинения уже официально вывели Украинский штаб партизанского движения. Впрочем, и прежде Украинский штаб подчинялся Центральному штабу лишь формально. Дело в том, что возглавлял его глава украинских коммунистов Никита Сергеевич Хрущев, член Политбюро, и, само собой разумеется, рядовой член ЦК Пономаренко командовать им просто не мог.
Постоянная смена организации управления партизанским движением отнюдь не прибавляла ему эффективности. И.Г. Старинов сокрушался, что Генеральный штаб фактически не оказывал никакое влияние на руководство партизанским движением, поскольку «общие задачи партизанам ставились ЦК ВКП(б), Сталиным как наркомом обороны и Верховным Главнокомандующим, центральными и областными комитетами компартии, на территорию которых вторгся противник.
Однако при наличии Центрального и подчиненных ему партизанских штабов военные действия в тылу врага вели специальные партизанские формирования, руководимые органами разведки Красной Армии, а также народного комиссариата внутренних дел, и минеры инженерных войск. Боевые действия в тылу врага велись советскими партизанами в Великой Отечественной войне 46 месяцев. Центральный штаб существовал всего 18 месяцев, при этом последние 7 месяцев Украинский штаб партизанского движения ему не подчинялся».
Старинов считал, что централизованное планирование партизанской войны в условиях, когда диверсии на вражеских коммуникациях не были сформулированы в качестве главной задачи партизан, приносило один только вред. Он не без горькой иронии пишет: «Так, 7 апреля 1943 года “нелегальный” ЦК Коммунистической партии (большевиков) Украины, который заседал в Москве и фактически был вполне легальным (так и представляешь себе украинских коммунистов под руководством Никиты Сергеевича, которые, уходя от чекистской слежки, собираются тайком на одной из конспиративных малин в районе Марьиной Рощи! – Б.С.), утвердил представленный Украинским штабом партизанского движения оперативный план боевых действий в весенне-летний период 1943 года, который затем был направлен в ЦК ВКП(б), а не в Ставку, и лишь 26 апреля план был утвержден ЦК ВКП(б). Одновременно Государственный комитет обороны (ГКО) принял постановление о материальном обеспечении партизан Украины. Пока планировали, утверждали план и материально обеспечивали его выполнение, крупные партизанские соединения бездействовали. Прошла весна, и летом этот план был выполнен в незначительной части».
