По возвращении из Персии в 1743 г. императрица произвела его в генерал-поручики, подполковники лейб-гвардии Семеновского полка и назначила вице-президентом Военной коллегии. Через три года он получил новый чин – генерал-аншефа, в 1751 г. был награжден орденом Св. Андрея Первозванного. А с началом Семилетней войны в сентябре 1756 г. Апраксин пожалован в генерал-фельдмаршалы и поставлен во главе войск, предназначенных для действий против Пруссии.
Русская армия к этому моменту не воевала уже полтора десятка лет. Солдаты, офицеры и даже многие генералы не имели боевого опыта. С военной точки зрения трудно назвать удачным выбор главнокомандующего, учитывая, что Степан Федорович имел явно недостаточный для главнокомандующего боевой и военно-административный опыт, не отличался должной решительностью и настойчивостью. А ведь не стоит забывать, что ему противостоял один из лучших полководцев того времени король Фридрих II.
Однако особого выбора у Елизаветы Петровны не было. Бывшие в России, кроме Апраксина, фельдмаршалы еще меньше подходили для руководства армией. А.Г. Разумовский в армии не служил вовсе, Н.Ю. Трубецкой, хотя и участвовал в войне с Турцией 1735–1739 гг., но лишь на интендантских должностях, полной бездарностью в военном отношении был А.Б. Бутурлин.
Между тем подготовить и сосредоточить на Немане, у польской границы, как было намечено, армию в 90–100 тысяч человек оказалось чрезвычайно трудно. В полках отмечался большой некомплект личного состава (в Бутырском полку, например, штаб-офицеров недоставало 60%, обер-офицеров – 50%), конский состав был запущен, продовольственное и финансовое обеспечение крайне ограничено. Что говорить, если заранее даже не был разработан план военной кампании.
Сам Апраксин поначалу воспринимал предстоящие события без должной серьезности. Прослыв франтом, он не изменял привычкам и в прифронтовой обстановке. Находясь в штаб-квартире в Риге, не преминул послать адъютанта в Петербург за дюжиной новых кафтанов. Остряки шутили, что фельдмаршал намеревается открыть кампанию против не пруссаков, а рижских дам.
Оказалось, однако, что главное препятствие состояло даже не в личных качествах главнокомандующего, а в постоянном давлении на него со стороны Конференции при высочайшем дворе. Этот высший орган военного руководства в составе канцлера А.П. Бестужева-Рюмина, фельдмаршала А.Б. Бутурлина, генерал-прокурора Н.Ю. Трубецкого, вице-канцлера М.И. Воронцова и братьев А.И. Шувалова, начальника Тайной канцелярии, и П.И. Шувалова, вице-президента Военной коллегии, крайне сковывал инициативу командующих войсками, которые превращались в исполнителей, почти полностью лишенных самостоятельности. По каждой мелочи Апраксин должен был сноситься с Петербургом и без согласия оттуда не мог даже двинуть войска с места (см. очерк о А.Б. Бутурлине). К тому же, как писал историк А.А. Керсновский, Конференция сразу попала под австрийское влияние и, командуя армией за тысячу верст от Петербурга, руководствовалась в первую очередь соблюдением интересов венского кабинета.
Чтобы не показаться голословным, достаточно привести ее инструкцию на имя Апраксина, составленную канцлером Бестужевым-Рюминым и выражавшую основной замысел кампании 1757 г.: маневрировать так, чтобы «все равно, прямо ли на Пруссию или влево чрез всю Польшу в Силезию маршировать»
