6 мая вернулся отряд А. К. Цивольки, при этом практически все участники оказались в очень плохом физическом состоянии, включая снежную слепоту. На планшете отряда была нанесена часть берега Северного острова от мыса Выходного. Пройдя от мыса Выходного к северу 150 км, А. К. Циволька дошел до большого полуострова, которому он присвоил имя своего любимого композитора фон Флотта.
Но выйти в море на шхуне для продолжения работ П. К. Пахтусов не мог, так как не хватало экипажа из-за умерших в период зимовки. Было решено готовить к плаванию «Казакова», одновременно заканчивая постройку шлюпки.
30 июня лед из пролива Маточкин Шар вынесло в море. На другой день П. К. Пахтусов с А. К. Циволькой на карбасе и шлюпке вышли в Баренцево море. На зимовке остался фельдшер Чупов с тремя матросами, из которых двое хворали.
После выхода в море П. К. Пахтусов сразу направился в губу Серебрянку, где предыдущая встреченная группа промышленников видела останки судна, похожего на «Енисей». В самой губе и в соседних заливах были найдены многочисленные обломки шхуны «Енисей». По-видимому, командир «Енисея» лейтенант В. А. Кротов по ошибке принял губу Серебрянка за западный вход в пролив Маточкин Шар, ввел в нее шхуну, которая в период шторма разбилась о прибрежные камни. С учетом того, что к этому времени прошло уже почти два года с момента исчезновения шхуны и никто из ее экипажа не объявился, по всей видимости, все погибли во время ее крушения.
Из губы Серебрянка отряд отправился вдоль западного берега архипелага на север, однако из-за возникшего тумана карбас и шлюпка разошлись друг с другом.
Через неделю карбас «Казаков» встал на якорь у полуострова Адмиралтейства, где были встречены первые дрейфующие льды. На следующий день удалось среди льдов пробраться до острова Берха в группе островов Горбовых, где карбас встретился с шлюпкой А. К. Цивольки. Однако сильный напор льда привел к тому, что корпус карбаса не выдержал, треснул и «Казаков» стал тонуть. При экстренной эвакуации с карбаса удалось спасти все инструменты, планшеты и немного продовольствия.
На двух уцелевших маленьких шлюпках члены экспедиции достигли острова Берха. Мыс острова, возле которого произошло крушение, П. К. Пахтусов назвал мысом Крушения. Впоследствии пролив, отделяющий остров Берха от острова Личутина, получил имя Пахтусова. На удачу, возле острова проходила лодья давнего знакомого П. К. Пахтусова Афанасия Еремина, которая после сигналов экспедиции подошла к острову. Затем к острову прибыли карбасы других промышленников, следующих вместе с А. Ереминым. П. К. Пахтусов договорился с Ереминым, что по окончании промысла лодья заберет остатки экспедиции и доставит их в Маточкин Шар.
Пока А. Еремин и другие промышленники добывали моржей, П. К. Пахтусов и А. К. Циволька на шлюпках описали острова Горбовы, Южнокрестовые и Панкратьева, а также прилегающий западный берег острова Северный архипелага Новая Земля. На обратном пути П. К. Пахтусов сделал промер и опись губы Южной Сульменевой.
9 августа на карбасах промышленников экспедиция прибыла на зимовье на берегу пролива. Через несколько дней П. К. Пахтусов, взяв с собой фельдшера и пятерых матросов, на нанятом карбасе промышленника Ивана Челузгина пошел по проливу на восток, пробился через ледовую перемычку и вышел в Карское море. Пользуясь наличием вдоль берега открытой воды, П. К. Пахтусов, исследуя подробно все заливы, не описанные А. К. Циволькой, довел свой карбас до широты 74° 24′, где открыл группу островов, впоследствии названных островами Пахтусова. Из-за ухудшения погоды экспедиция направилась обратно и 1 сентября прибыла в Маточкин Шар.
