Убедившись, что обвинения Тухачевского и других военачальников в тяжких государственных преступлениях необоснованны, а осуждение неправосудно, ГВП доложила своё заключение Генеральному прокурору СССР Р.А. Руденко, от которого последовало указание подготовить протест на постановление Специального судебного присутствия. 31 января 1957 года Военная коллегия Верховного суда СССР по заключению Генпрокурора отменила приговор от 11 июня 1937 г., дело производством прекратила за отсутствием состава преступления, все проходившие по делу об участниках «антисоветской троцкистской военной организации» были полностью реабилитированы. 27 февраля 1957 года. Комитет партийного контроля при ЦК КПСС восстановил их в партии.
Тем же приказом Ворошилова № 296 от 12.06.1937 извещалось:
«Бывший заместитель наркома обороны Гамарник – предатель и трус, побоявшийся предстать перед судом советского народа, покончил жизнь самоубийством… Конечной целью этой шайки было – ликвидировать советский строй в нашей стране, уничтожить в ней Советскую власть, свергнув рабоче-крестьянское правительство и восстановить в СССР ярмо помещиков и фабрикантов. Мировой фашизм и на этот раз узнает, что его верные агенты Гамарники и Тухачевские, Якиры и Уборевичи и прочая предательская падаль, лакейски служившие капитализму, стёрты с лица земли, и память о них будет проклята и забыта.
Нарком обороны СССР Маршал Советского Союза К. Ворошилов».
После ареста Ежова, а также Николаева, Райхмана, Листенгурта, УшаковаУшимирского (сотрудников особого отдела НКВД СССР), принимавших участие в расследовании дел по «военному заговору », было установлено, что показания о причастности Гамарника к «военному заговору» получены незаконными методами для придания самоубийству Гамарника иной, чем в действительности, причины. Тем более, что этого желал Ворошилов, не терпевший открытой критики со стороны Гамарника. Всё это послужило основанием для Генпрокурора СССР Руденко Р.А. обратиться 22 июля 1955 года с запиской в ЦК КПСС. Свою записку он закончил такими словами:
«При таком положении сомнительные показания Тухачевского, Якира и Уборевича, при отсутствии других объективных доказательств, не могут быть положены в основу обвинения Гамарника Я.Б. в измене Родине, и это обвинение с Гамарника Я.Б. должно быть снято».
Записка была рассмотрена 6 августа 1955 года на заседании Президиума ЦК КПСС, и принято постановление согласиться с предложением Генпрокурора СССР.
Когда Р.А. Руденко сообщил ГВП об этом решении, его спросили:
– А как реагировал на ваше предложение член Президиума ЦК К.Е. Ворошилов?
– Как? Да никак. Куда денешься. Со скрипом, но проголосовал «за».
В 1955–1956 гг. Ворошилов перестроился, стал поддерживать просьбы о реабилитации многих из тех командиров, на арест которых давал санкции. В своих резолюциях на заявлениях он писал: «Знал как преданного командира», «Сомневался, что может вредить», «Был отличным политработником» и т.д. И совсем удивил нас Ворошилов, когда мы увидели его подпись под такими словами о Гамарнике:
«Вся сравнительно короткая жизнь Я.Б. Гамарника – это трудовой и ратный подвиг. От рядового коммуниста до крупного партийного руководителя – таков его путь. Ян Гамарник на любом посту работал с полной энергией. Он показывал пример простоты и скромности, органически не терпел кичливости и зазнайства. Он был настоящим большевиком-ленинцем. Таким он и останется в сердцах тех, кто знал его лично, в памяти всех трудящихся».
