Назначенный «директором наук» и инспектором Замойской академии, он стал приглашать знаменитых профессоров-гуманистов, создал библиотеку и «русскую типографию» для издания книг на славянских языках. Но денег, выделенных покровителем, не хватало. Знаменитости из Италии не приехали, удалось привлечь только нескольких молодых магистров из Кракова и нескольких иностранцев – английского правоведа Уильяма Брюса, итальянского теолога Доменико Конвалиса, голландского математика Адриана ван Ромена. Ливонский дипломат, просветитель и первопечатник Давид Хильхен, сосланный в конце жизни из Риги в Замостье, успел собрать прекрасную коллекцию древних рукописей и наладил работу типографии.
Изначально академия состояла из трех факультетов: вольных искусств, права и медицины. С 1637 г. она получила право присваивать степень доктора философии, а в 1648 г. возник теологический факультет. В 1669 г. учебное заведение получило статус университета, став первым частным учебным заведением такого ранга. Правда, студентов там было сравнительно немного: в 1595 г. – около 70, а в 1646 г. – около 120. Наследники Замойского вели многолетнюю упорную борьбу с епископом Хелмно за право контролировать университет. Замойская академия быстро скатилась до уровня двух других польских университетов, которые готовили юрисконсультов для судебной системы и кандидатов на церковные должности. Попытки реформировать образовательный процесс результатов не дали, университет захирел и в 1784 г. был закрыт австрийцами и превращен в среднюю школу.
Киевский православный митрополит Петр Могила считал, что Замойская академия «много пользы и утешения принесла». Сам он вошел в историю благодаря созданной им Киево-Могилянской академии, пройдя тем же путем, что и его европейские предшественники 500 лет назад.
Ее предшественницей была Киевская братская школа: 15 октября 1615 г. при типографии Киево-Печерского монастыря в поселке Новый Свет был создан кружок Киевского Богоявленского братства под покровительством архимандрита Елисея Плетенецкого. За основу ее устава, принятого в 1620 г., был взят устав Львовской братской школы, в Киеве преподавали некоторые учителя из Львова и Луцка.
В 1631 г. митрополит Киевский и Галичский, архимандрит Киево-Печерской лавры Петр Могила основал Лаврскую школу, которая годом позже присоединилась к школе братства. Материальную поддержку школе оказывали запорожцы, в частности гетман Петр Сагайдачный, здесь учились в основном дети мещан и казаков. Петр Могила европеизировал это учебное заведение, переориентировав его на «латинскую» систему.
Однако студентов воспитывали в православном духе. Наряду с латынью они изучали церковнославянский, русский, греческий, польский языки. Преподавателей сначала приглашали из европейских университетов, а потом стали воспитывать в своих рядах. Петр Могила обеспечивал их средствами. На свои деньги он выстроил новое каменное помещение под школу, существующее по сей день, а перед смертью завещал любимому детищу библиотеку, содержавшую 2131 книгу, дома на Подоле и несколько сел. Однако он не успел добиться для «коллегии», которую в его честь стали именовать Киево-Могилянской, статуса высшей школы. Только 26 сентября 1701 г. при ректоре Иосифе Крюковском она согласно указу Петра I была переименована в академию и стала первым в Восточной Европе православным высшим учебным заведением.
