2 сентября ЧК Грузии известила в газетах о расстреле 24 арестованных по обвинению в подготовке восстания. Среди них члены ЦК меньшевистской партии Хомерики, Чхинкашвили, Агава и Джугели, а также член ЦК партии народных демократов Цинамджгваришвили. 4 сентября объявили о расстреле еще 12 человек в Аджарии.
В Мцхете чекистам удалось задержать руководство «Комитета независимости Грузии»: председателя князя К. Андроникашвили, членов ЦК национал-демократов Я. Джавахишвили и М. Ишхнели, члена ЦК СДПГ(м) Ж. Джинорию, члена КНГ от партии грузинских эсеров М. Бочоришвили. Уже 5 сентября они обратились к повстанцам с призывом сложить оружие. Только князю Константину Чолокашвили удалось спастись: в конце 1924 года он вместе с частью своих бойцов бежал через Турцию во Францию.
Параллельно шла антименьшевистская кампания по отработанной схеме: митинги на заводах с требованием расстрела всех причастных к мятежу, в прессе публиковались письма трудящихся с подобными признаниями: «при меньшевиках жилось не то, что теперь, свободы не было никакой». Сообщалось, что 17 тысяч рабочих и крестьян с проклятиями покинули предательские ряды партии меньшевиков. Собрали совещание делегатов всегрузинского съезда бывших меньшевиков. Хотя среди участников восстания большинство составляли рабочие Чиатуры и крестьяне Мегрелии, пресса указывала, что все это интриги бывших помещиков. Как говорил секретарь Аджарского обкома партии Леван Гогоберидзе:
Вы знаете, товарищи, что в Грузии дворянство составляет 6 процентов населения. Это необыкновенный процент, которого нет ни в одной другой стране. Даже в Польше, стране панов, число дворян достигает 4 процентов. Мы должны сократить в Грузии процент дворянства.
Особую жестокость проявляли красноармейцы и чекисты в первые дни подавления восстания. Рассказывают о сотнях и тысячах жертв, расстрелянных без суда и следствия. В грузинском эмигрантском журнале «Кавкасиони» в 1964 году описывался такой эпизод:
В Чиатуре хватали всех, кто попадется под руку, даже тех, кто не участвовал в восстании, загрузили в эшелон, как будто для отправки в Тифлис, но у станции Квирила расстреляли из пулеметов запертых в вагонах людей. Никто из них не смог выжить.
Эта история широко известна в Грузии, и даже полноразмерный макет изрешеченного пулями вагона был выставлен при президенте Михаиле Саакашвили в Музее оккупации в Тбилиси. Но никакими архивными материалами, впрочем, этот случай не подтвержден, а столь странный способ казни вызывает сомнения.
Победители не только не скрывали, что расправились с восставшими жестко и кроваво, но этим бравировали. «Эти господа, эти „герои восстания“, дали нам возможность немного прочистить свои ружья», – говорил Серго Орджоникидзе. Ему вторил еще один видный грузинский секретарь ЦК КП(б) Грузии Михаил Кипиани: «Наше ЦК уничтожило меньшевисткое ЦК. Сейчас они либо в холодной земле, либо в составе нашего ЦК».
Репрессии продолжались и после поражения восстания. В своем выступлении в Москве Серго Орджоникидзе заявил: «В массовых расстрелах мы немного переборщили, но с этим уже ничего не поделаешь». Сотни меньшевиков оказались на Соловках и в сибирской ссылке.
Есть основания полагать, что позиция Берии в вопросе о репрессиях была чуть более взвешенной, чем у его начальников. Об этом свидетельствует письмо Берии к Орджоникидзе в 1932 году, где он оправдывается за якобы произнесенные им при коммунистическом вожде Абхазии Несторе Лакобе весьма нелицеприятные для Орджоникидзе слова:
