Через некоторое время последовали обвинения самой компании ЮКОС в уклонении от уплаты налогов через различные схемы оптимизации налогов. Последовали усиленные налоговые проверки за несколько лет. По словам высших менеджеров ЮКОСа, насчитанная сумма недоимок и штрафов превысила выручку компании за эти годы.
* * *
Самого Михаила Ходорковского Генпрокуратура поначалу не очень беспокоила – его лишь несколько раз допросили в качестве свидетеля вскоре после ареста Платона Лебедева, а потом надолго оставили в покое. Но уже осенью 2003 года из прокуратуры начали поступать недвусмысленные намеки о существовании серьезных претензий и к Ходорковскому.
Утром 25 октября 2003 самолет Ходорковского, направлявшийся в Иркутск, совершил посадку для дозаправки в аэропорту Новосибирска. Как только самолет остановился, он был блокирован сотрудниками ФСБ. В тот же день Ходорковский был доставлен в Москву, предстал перед судом и помещен в следственный изолятор Матросская Тишина.
Следствие по делу Ходорковского было закончено также в рекордные два месяца. Претензии к нему полностью повторили то, в чем ранее был обвинен Платон Лебедев – хищение чужого имущества, злостное неисполнение вступившего в законную силу решения суда, причинение имущественного ущерба собственникам путем обмана, уклонение от уплаты налогов с организаций и с физических лиц, подделку документов, присвоение или растрату чужого имущества организованной группой в крупном размере.
Вскоре после ареста Михаила Ходорковского Генпрокуратура РФ начала «генеральное наступление» на ЮКОС, предъявляя все новые обвинения. К маю 2005 года список обвиняемых по делам ЮКОСа превышал уже 30 человек.
Все активы и счета ЮКОСа и его дочерних компаний были заморожены. Средства разрешено было снимать лишь на уплату налогов и зарплаты сотрудникам, все остальное уходило государству в счет долгов. Компания стала постепенно сокращать персонал, через некоторое время прекратила экспорт нефти в связи с отсутствием средств на таможенные платежи. Самая крупная нефтяная компания России начала разваливаться.
Первый судебный процесс над Платоном Лебедевым и Михаилом Ходорковским шел два года. 31 мая 2005 года Мещанский суд Москвы признал Ходорковского виновным и приговорил его к 9 годам лишения свободы с отбыванием наказания в колонии общего режима.
Михаил Ходорковский обвинялся по следующим статьям Уголовного кодекса РФ:
ч. 3 ст. 147 – «мошенничество в крупных размерах, или организованной группой, или особо опасным рецидивистом»;
ч. 3 ст. 33, ст. 315 (ред. № 162-ФЗ от 8 декабря 2003 г.) – «организатор преступления», «неисполнение приговора суда, решения суда или иного судебного акта»;
ч. 3 ст. 160 (ред. № 63-ФЗ от 13 июня 1996 г.) – «присвоение или растрата», «организованной группой», «в крупном размере»;
ч. 3 ст. 165 (ред. N 63-ФЗ от 13 июня 1996 г.) – «причинение имущественного ущерба путем обмана или злоупотребления доверием», «совершенные организованной группой», «причинившие крупный ущерб»;
ч. 2 ст. 198 (ред. № 162-ФЗ от 8 декабря 2003 г.) – «уклонение от уплаты налогов и (или) сборов с физического лица», «в особо крупном размере»;
ч. 3 ст. 33, ч. 2 ст. 199 (ред. № 162-ФЗ от 8 декабря 2003 г.) – «организатор», «уклонение от уплаты налогов и (или) сборов с организации», «группой лиц по предварительному сговору», «в особо крупном размере»;
