Формально царствовал первый год своей жизни при регентстве сначала Бирона, а затем собственной матери Анны Леопольдовны. Император-младенец был свергнут Елизаветой Петровной, провёл почти всю жизнь в одиночном заключении и уже в царствование Екатерины II был убит охраной в 23-летнем возрасте при попытке его освободить.
В официальных прижизненных источниках упоминается как Иоанн III Антонович, то есть счёт ведётся от первого русского царя Иоанна Грозного; в поздней историографии установилась традиция именовать его Иваном (Иоанном) VI, считая от Ивана I Калиты.
После смерти императрицы Анны Иоанновны сын Анны Леопольдовны (племянницы Анны Иоанновны) и принца Антона Ульриха Брауншвейг-Беверн-Люнебургского, двухмесячный Иван Антонович был провозглашён императором при регентстве герцога Курляндского Бирона.
Родился он в самом конце царствования Анны Иоанновны, поэтому вопрос о том, кого назначить регентом, долго мучил и находившуюся при смерти императрицу. Анна Иоанновна хотела оставить трон за потомками своего отца Ивана V и очень беспокоилась, как бы он не перешёл в будущем к потомкам Петра I. Поэтому в завещании она оговорила, что наследником является Иоанн Антонович, а в случае его смерти – другие дети Анны Леопольдовны в порядке старшинства, если они родятся.
Через две недели после воцарения младенца в стране произошёл переворот, в результате которого гвардейцы, возглавляемые фельдмаршалом Минихом, арестовали Бирона и отстранили его от власти. Новым регентом была объявлена Анна Леопольдовна, мать императора. Неспособная управлять страной и живущая в иллюзиях Анна постепенно передала всю свою власть Миниху, а после ею завладел Остерман, отправивший фельдмаршала в отставку. Но спустя год произошёл новый переворот. Дочь Петра Великого Елизавета с преображенцами арестовала Остермана, младенца-императора, его родителей и всех их приближённых.
Сначала Елизавета намеревалась выдворить «Брауншвейгскую семью» из России (так было официально указано в манифесте, обосновывающем её права на престол), но передумала, испугавшись, что за границей она будет опасна, и приказала посадить в тюрьму бывшую регентшу и её мужа.
В 1742 году втайне от всех семья была переведена в предместье Риги – Дюнамюнде. После раскрытия так называемого «заговора Лопухиной» в 1744 году, всё семейство было перевезено в Ораниенбург, а после – подальше от границы, на север страны, в Холмогоры, где маленький Иван был полностью изолирован от родителей. Он находился в том же архиерейском доме, что и родители, за глухой стеной, о чём никто из них не догадывался. Комната-камера экс-императора, которого теперь по указанию Елизаветы Петровны стали называть Григорием, была устроена так, что никто, кроме майора Миллера (ответственного за содержание мальчика под стражей) и его слуги, пройти туда не мог. Содержали Ивана в тюрьме строго, охране запрещалось вступать с ним разговоры.
Мать Ивана VI Анна Леопольдовна умерла 19 марта 1746 года, через 12 дней после рождения своего последнего, пятого, ребёнка и третьего сына – Алексея.
Личность бывшего государя и его краткое царствование вскоре подверглись закону об осуждении имени: 31 декабря 1741 года был объявлен указ императрицы о сдаче населением всех монет с именем Иоанна Антоновича для последующей переплавки. Через некоторое время эти монеты перестали принимать по номиналу, а с 1745 года их хранение стало противозаконным. Лица, у которых обнаруживали монеты Иоанна Антоновича или которые пытались ими расплатиться, подвергались пытке и ссылке как государственные преступники. В настоящее время монеты этого царствования чрезвычайно редки.
