В своей магистерской диссертации «Antiquissimi de prima malorum origine philosophematis explicandi tentamen criticum» (1792) он дал аллегорическое толкование библейскому рассказу о грехопадении, следуя идеям Гердера. В том же духе была написана работа, опубликованная в 1793 году в «Memorabilien» Паулюса (часть V, стр. 1—65): «О мифах, исторических сказаниях и философемах древнейшего мира». К новозаветной критике и древнейшей церковной истории относится его работа «De Marcione Paulinarum epistolarum emendatore» (1795). Однако интерес Шеллинга всё больше обращался к философии. Он изучал «Критику чистого разума» Канта, «Элементарную философию» Рейнгольда, «Новую теорию мышления» Маймона, «Энезидем» Г. Э. Шульце и рецензию Фихте на эту работу, а также его сочинение «О понятии наукоучения», и в 1794 году написал (опубликованную в Тюбингене в 1795 году) работу «О возможности формы философии вообще», в которой излагал по сути фихтевские идеи, стремясь показать, что ни материальный принцип (как принцип сознания Рейнгольда), ни чисто формальный (как принцип тождества) не подходят в качестве основы философии; этот принцип должен заключаться в «Я», в котором полагание и положенное совпадают. В утверждении «Я» форма и содержание обусловливают друг друга.
В «Философских письмах о догматизме и критицизме», опубликованных в «Философском журнале» Нитхаммера в 1796 году (перепечатано в «Философских сочинениях», Ландсхут, 1809), Шеллинг выступает против кантианцев, которых он застаёт в процессе того, чтобы «из трофеев критицизма возвести новую систему догматизма, на место которой, пожалуй, всякий искренний мыслитель пожелал бы возвращения старого здания». Шеллинг стремится доказать, особенно в отношении морального доказательства бытия Бога, что критицизм в том смысле, в каком его понимает большинство кантианцев, представляет собой лишь противоречивую смесь догматизма и критицизма; правильно же понятая, «Критика чистого разума» как раз и предназначена для того, чтобы вывести из самой сущности разума возможность двух противоположных систем, которые обе снимают противоречие между субъектом и объектом путём редукции одного к другому, а именно – идеализма и реализма.
«Всем нам, – говорит Шеллинг, – присуща таинственная, удивительная способность: отрешаться от изменчивого потока времени, возвращаясь к нашему глубочайшему „Я“, очищенному от всего, что привнесено извне, и там, в форме неизменности, созерцать вечное; это созерцание есть самое сокровенное, подлиннейшее переживание, от которого единственно зависит всё, что мы знаем и во что верим относительно сверхчувственного мира». Шеллинг называет это «интеллектуальным созерцанием». (Впрочем, то, что он здесь описывает, скорее абстракция, нежели созерцание.)
Спиноза, по мнению Шеллинга, догматически или реалистически объективирует это созерцание и потому верит (подобно мистику), что растворяется в Абсолюте; идеалист же осознаёт его как созерцание самого себя. Поскольку мы стремимся реализовать Абсолют в себе, не мы пребываем в созерцании объективного мира, но он теряется в этом нашем созерцании, в котором время и длительность для нас исчезают, и чистая, абсолютная вечность пребывает в нас.
Источник самосознания – это воля. В абсолютной воле дух непосредственно осознаёт себя и обладает интеллектуальным созерцанием самого себя. Хотя Кант отрицает возможность интеллектуального созерцания, Шеллинг (в работах 1796 и 1797 годов, также впервые опубликованных в «Философском журнале», издаваемом Фихте и Нитхаммером, а затем перепечатанных в «Философских сочинениях» 1809 года под названием «Трактаты в разъяснение идеализма наукоучения») считает, что дух его учения согласуется с Кантом, поскольку сам Кант объявляет «Я» в положении «Я мыслю» чисто интеллектуальным представлением, необходимо предшествующим всякому эмпирическому мышлению.
