Основные черты своей общей системы Шеллинг изложил в популярной форме в своих «Лекциях о методе академического изучения» (прочитанных в 1802 г.), Штутгарт и Тюбинген, 1803 (3-е изд., там же, 1830). Здесь Шеллинг определяет философию как науку об абсолютной идентичности, науку всего знания, которая имеет изначальное знание (Urwissen) своим непосредственным и самодостаточным основанием и предметом. По своей форме философия есть непосредственное разумное, или интеллектуальное, созерцание, которое абсолютно идентично своему предмету – самому изначальному знанию. Изложение интеллектуального созерцания есть философская конструкция.
В абсолютной идентичности, или всеобщем единстве общего и частного, содержатся особые единства, опосредующие переход к индивидам: их Шеллинг, следуя Платону, называет идеями. Эти идеи могут содержаться только в разумном созерцании, и, соответственно, философия есть наука об идеях, или вечных первообразах вещей. Государственное устройство, говорит Шеллинг, есть отражение устройства мира идей. В этом мире абсолютное, как сила, из которой всё проистекает, есть монарх; идеи – свободные существа; отдельные действительные вещи – рабы и крепостные.
Таким образом, Шеллинг возрождает реализм (понимая это слово в схоластическом смысле), который со времён Средневековья был оставлен всеми значительными философами и сохранялся лишь в учении Спинозы об абсолютной субстанции в определённом смысле, соединяя это учение с платоновской теорией идей.
Философия объективируется в трёх положительных науках, которые структурируются по образу внутреннего типа философии. Первая из них – теология, которая как наука об абсолютном и божественном существе объективно представляет абсолютную точку безразличия идеального и реального. Идеальная сторона философии, объективированная в себе разделённой, есть наука истории, и поскольку главное дело последней – формирование правового устройства, то это наука права, или юриспруденция. Реальная сторона философии, взятая сама по себе, внешне представлена наукой о природе, а поскольку она концентрируется в учении об организме – медициной.
Только через исторический элемент положительные, или реальные, науки могут быть отделены от абсолютного, или философии. Поскольку теология как истинный центр объективации философии основывается преимущественно на спекулятивных идеях, она является высшим синтезом философского и исторического знания. А поскольку идеальное есть высшая потенция реального, то следует, что юридический факультет предшествует медицинскому.
Противоположность реального и идеального повторяется в истории религии как противоположность эллинизма и христианства. Как в символах природы, так и в греческих поэтических произведениях интеллектуальный мир был скрыт, как в бутоне, завуалирован в объекте и невыражен в субъекте. Христианство же есть раскрытое мистериум; в идеальном мире, который в нём открывается, божественное сбрасывает покров – это ставшее явным мистериум божественного царства.
Историко-философская конструкция, данная Шеллингом в «Системе трансцендентального идеализма», теперь модифицируется в том смысле, что он утверждает бессознательную идентичность с природой в первый период как время наивысшего расцвета греческой религии и поэзии, затем, с отрывом человека от природы, господство судьбы и, наконец, восстановление единства как сознательного примирения; этот последний период, будучи периодом провидения, вводит в историю христианство.
