Едва покинув флот, Петр Петрович бросается в митинговщину. Выступает на сходках, обличая прогнивший царский режим. На митинге 25 октября 1905 года с ним случается очередной припадок. Вскоре его арестовывают – им занимается жандармерия. Он шлет послания на волю. Благодаря стараниям демократической прессы становится широко известным. Его избирают пожизненным депутатом Севастопольского городского совета и выпускают из тюрьмы под обещание немедленно покинуть Севастополь. Шмидт соглашается, но тут же забывает о своем обещании и 14 ноября 1905 года появляется на крейсере «Очаков» в качестве вождя восставших матросов. Никакого руководства восстанием Шмидт не осуществлял. Будучи самоуверенным, он считал, что к нему потекут матросские массы.
Утром 15 ноября ни один из броненосцев, кроме разоруженного «Пантелеймона» (бывший «Потемкин»), к мятежу не присоединился. Тогда, надев погоны капитана 2-го ранга «красный лейтенант» поднимает на миноносце «Свирепый» болезненно-амбициозный сигнал: «Командую флотом. Шмидт».
Чухнин посылает парламентариев с предложением сдаться. Шмидт отвечает, что будет разговаривать только с однокашниками по Морскому корпусу. Но едва они вступили на палубу «Очакова», как их берут в заложники. Шмидт передает, что после каждого выстрела по крейсеру он будет вешать на реях по офицеру. На адмирала Чухнина это заявление не производит впечатления, и тогда Шмидт посылает в атаку на стоящий неподалеку минный транспорт «Буг», начиненный 1200 пудами пироксилина, миноносец «Свирепый». Страшно представить, что было бы с Севастополем, если бы атака удалась. К счастью, команде «Буга» удалось быстро затопить судно. Тогда «Свирепый» атаковал броненосцы эскадры, которые тут же расстреляли его вместе с крейсером «Очаков».
Шмидт перед началом обстрела позорно сбежал с крейсера с 16-летним сыном Евгением на миноносце № 270, оставив одураченных матросов на погибель. Он пытался бежать в Турцию. Миноносец был поврежден и перехвачен. Шмидта вначале на корабле не нашли, но потом он был обнаружен в грязной морской робе среди моряков-кочегаров, выдавая себя за служителя горячего трюма.
Потом был громкий судебный процесс. Самоуверенность и здесь дала о себе знать. Он считал, что правительство побоится его «авторитета» и не решится приговорить офицера к расстрелу.
Премьер-министр Витте докладывал царю:
«Мне со всех сторон заявляют, что лейтенант Шмидт, приговоренный к смертной казни, психически больной человек и его преступные действия объясняются только болезнью…»
Сохранилась и резолюция императора:
«У меня нет ни малейшего сомнения в том, что если бы Шмидт был душевнобольным, то это было бы установлено судебной экспертизой».
6 марта 1906 года Шмидт с несколькими подельниками был расстрелян на острове Березань. Дядя и сын лейтенанта примкнули к Белому движению. Впоследствии сын бежал на Запад. Вскоре после казни Шмидта эсеры-террористы убили адмирала Чухнина. Он был похоронен в севастопольском Владимирском соборе в усыпальнице прославленных русских флотоводцев.
В 1917 году после Февральской революции имя Шмидта снова становится популярным. Его первым стал возвеличивать новый командующий ЧФ Колчак, заигрывая с матросами с целью повышения собственной популярности. Советская власть поначалу его своим не считала. Не с того ли большевики позволили Ильфу и Петрову безнаказанно похихикать над именем «красного лейтенанта» в романе «Золотой теленок». Но время сделало свое дело – 14 ноября 1923 года останки Шмидта и его подельников были перезахоронены на севастопольском кладбище Коммунаров. Тогда же из Владимирского собора был выброшен и подвергнут поруганию прах адмирала Чухнина.
