К востоку от южной части русского Туркестана лежал принадлежащий так называемый Восточный Туркестан, делящийся на две части – северную (Джунгария) и южную (Кашгария). В конце XIX века Джунгария была относительно неплохо изучена, но Кашгария была для европейцев самым настоящим пробелом на карте. В Генеральном штабе обоснованно считали, что Кашгария может стать объектом британских интересов наравне с Афганистаном. Чтобы не повторять бесконечную и безрезультатную борьбу за Афганистан в Восточном Туркестане, было необходимо как можно более полно изучить этот регион, наладить контакты с местными властями, торговцами, влиятельными лицами, изучить местные крепости и, наконец, создать собственную агентурную сеть, чтобы получать своевременную информацию об активности британцев в регионе. Задача была крайне сложной, но капитан Корнилов взялся за нее. В 1898 году он уже прославился на весь Туркестан своей безрассудно смелой разведкой британской крепости Дейдади в Афганистане, когда, переодевшись туркменом, изучил ее укрепления и создал их схему. В течение нескольких лет Корнилов путешествует по Кашгарии, делает топографические съемки, изучает крепости, общается с чиновниками, вербует агентов, собирает сведения о ее населении, их обычаях, привычках, склонностях. Эта работа легла в основу не только военных планов Российской империи и секретных материалов, обосновавшихся в разведывательном отделе Генерального штаба. В 1903 году Корнилов издает книгу «Кашгария, или Восточный Туркестан» – полномасштабный научный отчет об этнографии, географии, военно-политическом состоянии региона. За экспедиции в Кашгарию Лавр Георгиевич был награжден орденом Святого Станислава 3-й степени. Оценил его труды и противник – карты и схемы кашгарских крепостей широко использовались в британском «Военном отчете по Кашгарии» 1907 года.
Работа по Кашгарии принесла известность Корнилову не только как исследователю, но и как блестящему разведчику. Следующее задание не менее сложное и невероятно рискованное – отряду под руководством капитана Генерального штаба Корнилову предстояло исследовать и картографировать малоизученную часть Восточного Ирана, еще одно белое пятно на картах, известное как Степь Отчаяния. Степь Отчаяния на самом деле не степь, в действительности это безводная знойная пустыня, которую не решались изучать британские исследователи, и ни один европеец не смог ее пересечь. В 1902 году Корнилову это удалось сделать. Вместо отметки «неисследованные земли» на картах появились результаты русской топосъемки, а отчеты Лавра Георгиевича об экспедиции изобиловали богатейшим географическим, этнографическим и военным материалом. В экспедициях по отдаленным районам Азии Корнилову неизменно помогало прекрасное знание восточных языков – урду, фарси, монгольского, казахского и киргизского, а также попутно удалось изучить английский – язык, без знания которого в сфере влияния Великобритании действовать было крайне сложно.
В 1903 году Корнилов был отправлен в Индию для «изучения языков и нравов народов Белуджистана». По факту он выполнял задачу по оценке состояния британских колониальных войск – главной угрозы русскому Туркестану. В Индии Лавр Георгиевич с удивлением обнаружил, что его имя уже знакомо британским офицерам, настолько известными стали его работы и очерки по географии Центральной Азии. Успешное выполнение этого непростого задания завершилось присвоением Корнилову чина подполковника и возвращением в 1904 году в Россию, в Санкт-Петербург, где его ждала должность столоначальника Главного штаба. Однако штабная работа была не по нутру энергичному, не любившему сидеть на месте Корнилову, и он добился своего перевода в Манчжурскую армию, уже несколько месяцев как вовлеченную в неожиданно начавшуюся, но давно назревавшую войну с Японией. Здесь, на промерзших сопках Манчжурии, имя Корнилова как военачальника впервые прогремит на всю Россию.
