Всего к началу XIX в. в стране существовало около 500 различных учебных заведений, светского характера, с 45-48 тыс. учащихся и 66 духовных семинарий и школ с более чем 20 тыс. семинаристов.
При вступлении на престол Екатерина II обещала духовенству не отбирать их имения, обвинив бывшего супруга, что он «начал помышлять о разорении церквей», объявила секуляризацию мерой «непорядочной и бесполезной». 12 августа 1762 г. императрица ликвидировала Коллегию экономии и вернула вотчины духовенству. Однако после временной тактической меры, уже в конце этого года Екатерина вновь поручает рассмотреть судьбу церковных имений специальной комиссии. Укомплектованная сторонниками секуляризации комиссия подготовила императрице угодный доклад, который 26 февраля 1764 г. был утвержден – недвижимое и движимое имение черного и белого духовенства подлежало секуляризации. На спор светской и духовной власти повлияли настроения самих монастырских крестьян, отказавшиеся повиноваться монастырским властям, что более укрепило позицию Екатерины.
При Екатерине II в истории церкви произошло два знаменательных события: секуляризация владений духовенства и провозглашение веротерпимости. Против секуляризации открыто выступил лишь Ростовский митрополит Арсений Мацеевич, принадлежавший к числу подвижников патриарха Никона и протопопа Аввакума. 6 марта Мацкевич отправил Синоду донесение с напоминанием об обещании императрицы, с заявлением, что даже при татарском иге церковное землевладение оставалось неприкосновенным. Протестовал он и против навязываемой государством обязанности монастырям содержать «всякие науки»: философию, богословие, астрономию, математику – лишь соглашался на содержание монастырями начальных школ. Синод не захотел ссориться с императрицей и направил ей доклад с осуждением донесения Арсения, подметив, что его доклад «клонится к оскорблению ее императорского величества». Екатерина II, стремясь прослыть гуманной, поручила определение наказания Синоду. Тот распорядился доставить Арсения в Москву, где над ним состоялся суд. Приговор гласил: «архиерейства и клобука его лишить и сослать в отдаленный монастырь под крепкое смотрение и ни бумаги ни чернил не давать там»7. Арсения определили сначала в Ферапонтов, а затем в более отдаленный карельский монастырь Архангелогородской губернии. Однако в монастыре вместо смирения Мацеевич проявлял непослушание, «равнял себя в претерпении Златоусту, стараясь возбудить ропот и неудовольствие на правительство, в коварных затеях не разбирал способа: ибо и лжи клеветы и пророчества и молитвы и слова Божии он не усовестился употреблять всуе»8, и после доноса на него протодиакона Иосифа Лебедева Арсения лишили монашеского звания и переправили в Ревель, стали содержать под охраной солдат, не знавших русского языка. Императрица даже изменила ему имя – «одеть в мужскую одежду и переименовать в Андрея Враля»9.
Манифест о секуляризации церковных владений от 26 февраля 1764 г. решил вековой спор о судьбах церковных вотчин. От церковных учреждений в казну перешло 910.866 душ м.п., получивших название экономических. Они были освобождены от вотчиной юрисдикции: суда монастырских властей, истязаний и т.д. (церковные крепостные также были фактически на положении рабов). Сама работа, на монастырской барщине, была заменена на денежный оброк, что в меньшей мере регламентировала хозяйственную деятельность крестьян, развязывала руки. Вместе с тем, отныне каждый монастырь имел утвержденные правительством штаты, на содержание которых отпускалась строго установленная сумма. Таким образом, духовенство оказалось в полной зависимости от государства, как в экономическом, так в административном отношении.
