К этому времени свободной земли не было, она была поделена на три части: черносошная (государственная), вотчинская (боярская и «детей боярских», то есть мелковотчинская, поделённая между детьми бояр, почивших в бозе) и монастырская. Монастырская земля занимала почти треть центральной части страны. Было принято решение обеспечить дворян землёй за счёт монастырей. Один из вопросов, заданных Иоанном на соборе, именно так и был сформулирован: <<Достойно ли монастырям приобретать землю?», и в мае 1551 года был издан указ о конфискации всех земель и угодий, переданных Боярской думой епископам и монастырям после смерти Василия III. Но на тот момент церкви всё-таки удалось отстоять основную часть своих земель.
Во время опричнины и Ливонской войны царю понадобилось много денег и он опять обратился к церковным землям. Назрел конфликт, церковь начала требовать от царя отмены опричнины. Из-за несогласия царя митрополит Афанасий в 1566 году демонстративно сложил с себя сан и удалился в Чудов монастырь. На его место был назначен митрополит Филипп (Колычев), который также всё время уговаривал царя отказаться от опричнины и поддерживал боярскую оппозицию. К 1568 году это противостояние перешло в открытое столкновение между царём и митрополитом. Дело кончилось судом над Филиппом, приговор был исполнен прямо в храме после службы, с митрополита сорвали клобук и мантию и он был отправлен на вечное заточение в тюрьму Богоявленского монастыря.
Первые удары опричной плётки Грозный нанёс по своим ближайшим родственникам, Рюриковичам, – суздальским удельным князьям Старицким. За три года (с 1567 по 1570) были казнены 3 200 человек, так или иначе связанных с двоюродным братом Иоанна Грозного – удельным князем Владимиром Андреевичем Старицким, подозреваемым Грозным в заговоре с целью своего свержения и захвата царского престола. (Здесь и далее количество людей, погибших и репрессированных Иоанном Грозным, приводится по данным Р.Г. Скрын-никова, посвятившему этому вопросу специальное исследование). Сам князь Владимир по своим личным качествам никак не подходил к роли самодержавного правителя. Более того, он всю свою жизнь боялся этого обвинения и всё делал, чтобы доказать верность своему брату. Но демонстрация своей преданности его не спасла. Царь, зная безвольность своего брата, боялся, что его именем кто-нибудь воспользуется для свержения с престола самого Иоанна Грозного. Однако братоубийство в православии считается одним из тяжких грехов, поэтому Грозный не мог казнить своего родственника, он вынудил его к самоубийству, заставив выпить чашу с отравленным вином. Та же участь постигла жену князя Владимира и его девятилетнюю дочь. Все, оставшиеся в живых из рода суздальских князей, были переселены из своих родных мест на свободные земли Казанского царства.
Факты распространения репрессий на семьи наказуемых высвечивают характерную особенность самодержавного потомственного правления, когда кара за совершённое или пусть даже выдуманное преступление настигает не только самого виновника, но и его родственников. Это объясняется наличием потомственного права не только у царственного самодержца, но и у элиты государства. При выводе кого-либо из состава элиты, на его место должен был прийти ближайший родственник, который мог продолжить политику своего предшественника или даже попытаться отомстить за него. Поэтому из состава элиты мало было убрать одного человека, «зачистке» подвергался целый род.
