В 1836 году новая редакция конституции была утверждена конгрессом. Отныне государствам-членам федерации запрещалось иметь собственные армии и взимать пошлины с внешней торговли.
Однако вступлению в силу новой конституции помешала неожиданно разразившаяся эпидемия холеры. В одной лишь Гватемале от холеры умерло более 1000 человек.
Священники немедленно объяснили неграмотным индейцам, что бог карает их таким образом за поддержку безбожника Морасана. Церковь даже распускала слухи, что власти нарочно отравляют колодцы, чтобы усилить эпидемию[27]. Священники говорили, что либералы хотят истребить коренное население, чтобы заселить федерацию революционерами-европейцами. Правительство, между тем, отправило в индейские деревни врачей и студентов-медиков, но при тогдашнем уровне медицины побороть эпидемию было сложно.
Индейцы Гватемалы под влиянием лживой клерикальной пропаганды взялись за оружие, и против них были направлены правительственные войска, которые своими репрессиями привели в лагерь восставших еще больше сторонников. Восставших возглавил 22-летний сержант Рафаэль Каррера, которого церковь объявила народным вождем. Лозунгами его армии были «Да здравствует религия!» и «Смерть иностранцам!». В декабре 1837 года Гватемала попросила помощи федеральной армии, но Морасан ответил, что восставшие обмануты и их надо убеждать, а не принуждать.
Но Каррера воспринял эту позицию как проявление слабости, и 2 февраля 1838 года его полудикие отряды заняли столицу Гватемалы. Очевидцы сравнивали начавшиеся грабежи и разбои с захватом Рима готами Алариха. Характерно, что Каррера въехал в поверженную столицу либералов в мундире испанского генерала.
Между тем о выходе из федерации заявили Гондурас, Никарагуа и Коста-Рика, возмущенные решением федеральных властей отобрать у них взимание таможенных пошлин. От Гватемалы отделилось государство Лос-Альтос, намеревавшееся сохранить либеральный строй. 5 июля 1838 года Лос-Альтос приняли в разваливавшуюся на глазах федерацию в качестве шестого члена.
В апреле 1838 года Морасан легко разбил отряды Карреры (их остатки скрылись в горах) и вступил в столицу Гватемалы. Жители города, напуганные бесчинствами христолюбивого воинства Карреры, предложили Морасану диктаторские полномочия для восстановления гражданского мира в федерации. За это выступили даже консерваторы. Однако Морасан отказался, заявив, что диктатура противоречит его принципам. К лету 1838-го федеральная армия очистила от мятежников почти всю территорию Гватемалы.
Удар в спину Морасана нанесла Никарагуа, объявившая о своей независимости 30 апреля 1838 года. Похоже, сепаратисты сами не были уверены в своей затее, поэтому новую страну назвали не республикой, а более расплывчато – «государством». Да и глава этого государства именовался весьма странно – «верховным директором».
Морасан срочно вернулся в федеральную столицу Сан-Сальвадор, но и там царили развал и анархия. 31 мая 1838 года федеральный конгресс постановил, что любое государство федерации вольно в своем выборе и может стать независимым.
Но Морасан не сдавался. Он вернулся в Гватемалу и продолжил громить мятежников Карреры, которые в конце 1838 года запросили мира. Тогда же по просьбе Морасана конгресс Гватемалы обратился к покинувшим федерацию странам с призывом вернуться в союз. Но те стояли на своем и ответили, что в выборах нового президента федерации участвовать не собираются. Так как 1 февраля 1839 года срок мандата Морасана истек, федерация осталась без легитимного главы государства. Это означало конец союза, поскольку Морасан был его главным связующим звеном.
