Однако без дела генерал не остался. В том же феврале 1839 года его назначили главнокомандующим сальвадорской армией, которая готовилась отразить интервенцию гондурасско-никарагуанских войск. Морасан еще раз подтвердил свое недюжинное военное дарование и в апреле 1839 года разгромил своих противников у местечка Эспириту-Санто («святой дух» по-испански; бог явно благоволил Морасану!). После этой блестящей победы Морасан был избран 13 июля 1839 года президентом Сальвадора.
Избрание Морасана реакционеры Центральной Америки расценили как попытку возродить ненавистную им либеральную федерацию. 24 июля 1839 года Гватемала (где заправлял Каррера) и Никарагуа подписали договор о военном союзе против Сальвадора. Морасан пытался перейти в контрнаступление и восстановить федерацию, но сил Сальвадора для этого было явно недостаточно. Предпринятая Морасаном военная экспедиция в Гондурас в августе 1839 года потерпела поражение[28]. Каррера, в свою очередь, призвал народ Сальвадора к восстанию против Морасана, но последний быстро подавил отдельные очаги мятежа.
25 сентября 1839 года на территорию Сальвадора вторглась объединенная никарагуанско-гондурасская армия. Но Морасан, с отрядом всего лишь из 600 бойцов, наголову разбил 2000 интервентов, и те позорно бежали, оставив на поле боя более 300 убитых.
Морасан понимал, что душой консервативно-сепаратистских сил является Каррера. Поэтому в марте 1840 года он с небольшими силами неожиданно вторгся в Гватемалу и занял столицу страны. Морасан ранее всегда побеждал Карреру на поле боя, и казалось, что так будет и на сей раз. Но Каррера обхитрил противника. Он увел свои войска из столицы, а когда Морасан занял город, окружил сальвадорцев пятитысячной армией. В войну на стороне Гватемалы вступили Никарагуа и Гондурас.
Во время ожесточенного боя с индейцами-фанатиками, скандировавшими «Смерть Морасану!» и певшими псалмы, у войск Морасана кончились боеприпасы. Ему едва удалось с небольшим обрядом вырваться из кольца окружения.
27 марта 1840 года Морасан отказался от поста президента Сальвадора, чтобы, как он заявил, положить конец кровопролитию. Таким образом, участь центральноамериканской федерации была предрешена. Характерно, что США и Великобритания благоприятно восприняли известие о поражении Морасана. Закабалить отдельные слабые центральноамериканские республики было куда как проще, чем иметь дело с сильной федерацией, к которой стремился Морасан.
Летом 1839 года в Центральную Америку прибыл дипломатический представитель США Стефенс, который должен был разорвать отношения между Вашингтоном и федерацией под предлогом хаоса, царящего в Центральной Америке[29]. Но на самом деле уже тогда американцев интересовала только возможность прорытия канала через территорию Никарагуа. И канал этот они намеревались контролировать единолично. Государственный секретарь США Ливингстон подчеркивал в инструкциях для первого посланника США в Центральной Америке Уильяма Джефферса: «Делом первостепенной важности для нас является соединение двух океанов судоходным каналом…»[30]
Морасан в апреле 1840 года отправился в изгнание. Коста-Рика не приняла его, и последний президент федерации поселился со своими соратниками в Колумбии (ныне эта территория является частью Панамы). В 1841 году Морасан выехал в Перу, где ему предложили командовать дивизией перуанской армии в войне против Чили. Но генерал отказался, так как считал эту войну ненужной и братоубийственной.
