Над Азефом был проведен «суд чести», который и установил его виновность. В состав суда входили избранные центральным комитетом партии старые революционеры Г. А. Лопатин, князь П. А. Кропоткин и В. Н. Фигнер.
24 декабря 1908 (5 января 1909 г.) домой к Азефу пришли уполномоченные партии и дали срок до утра для чистосердечного признания. Ночью Азеф выскользнул из дома и уехал первым поездом. Сразу после его бегства ЦК известил членов партии, что Азеф объявляется провокатором.
Впоследствии Азеф прислал в Центральный комитет следующее письмо: «Ваш приход в мою квартиру вечером 5 января и предъявление мне какого-то гнусного ультиматума без суда надо мною, без дачи мне какой-либо возможности защищаться против возведенного полицией или ее агентами гнусного на меня обвинения возмутителен и противоречит всем понятиям и представлениям о революционной чести и этике… Мне, одному из основателей партии с. р., вынесшему на своих плечах всю ее работу в разные периоды и поднявшему благодаря своей энергии и настойчивости в одно время партию на высоту, на которой никогда не стояли другие революционные организации, приходят и говорят: „Сдавайся или мы тебя убьем“. Это ваше поведение, конечно, будет историей оценено».
Азеф скрывался в Берлине, ведя жизнь биржевого игрока, и боролся за восстановление своей репутации. Он писал жене: «В глазах всего мира я какой-то изверг, вероятно, человек холодный и действовавший только с расчетами. На самом деле, мне кажется, нет более мягких людей, чем я. Я не могу видеть или читать людское несчастье – у меня навертываются слезы, когда читаю, в театре или на лице вижу страдания. Это было у меня всегда».
"Да, я совершил непростительную ошибку, – размышлял Азеф в другом письме, – и, собственно, я мог давно снять с себя это позорное пятно, если бы в известное время пришел к товарищам и сказал: «Вот то-то есть – я загладил моей работой такой-то и такой-то, судите меня».
В 1912 г. он решил исправить эту ошибку, согласившись встретиться со своим разоблачителем Владимиром Бурцевым во Франкфурте-на-Майне. Азеф попросил устроить над ним суд из старых товарищей и, если этот суд вынесет смертный приговор, обещал сам привести его в исполнение в течение 24 часов.
Азеф неоднократно говорил, что все претензии партии к нему надуманны, он жил в Германии под фамилией, которую знали его товарищи, и никто не пришел его убивать. Более того, встречаясь с Бурцевым и давая ему объяснения, Азеф сказал: «Вы сумасшедший, если б не вы, я бы царя убил». Дальше Азеф, показав весы, сказал: «Если на одну чашу положить все, что я сделал для партии, и сравнить с тем, что мне стоило сделать, когда я кого-то выдал, то очевидно, что правая чаша несопоставима с левой».
Действительно, Азеф состоял членом партии с самого ее основания. Он знал о покушении на харьковского губернатора князя Оболенского (1902) и принимал участие в приготовлениях к убийству уфимского губернатора Богдановича (1903). Он руководил с осени 1903 г. Боевой организацией и в равной степени участвовал в следующих террористических актах: в убийстве министра внутренних дел Плеве, в убийстве великого князя Сергея Александровича, в покушениях на петербургского генерал-губернатора Клейгельса, нижегородского – барона Унтенбергера, московского – адмирала Дубасова, в покушении на офицеров Семеновского полка генерала Мина и полковника Римана, в покушении на заведующего политическим розыском Рачковского, в убийстве Георгия Гапона, в покушении на командира черноморского флота адмирала Чухнина, в покушении на премьер-министра Столыпина и в трех покушениях на царя. Кроме того, он заранее знал и о многих других предполагаемых и свершившихся террористических актах.
