Основные военные силы в это время были направлены на устранение ещё одной беды. Летом 1591 года крымский хан Газы II Гирей, по прозвищу Буря, вместе с ногайским мурзой Казыем во главе 150-тысячной татарско-ногайской армии вторгся в южнорусские владения. Цель была одна: уничтожить Москву, поэтому хан запретил воинам грабить в пути, чтобы не распылять силы и не останавливаться. Утром 4 июля орда подступила к Москве и расположилась в деревне Котлы. Во главе большой русской рати были воевода боярин Фёдор Мстиславский и конюший боярин Борис Годунов. Силы были не равны. Тогда был придуман план: татары должны были захватить «якобы русского лазутчика», который рассказал бы им, что к Москве прибыла большая рать из Новгорода. Так это и случилось, и в то время, когда татары узнали об этом, русские открыли сильный артеллерийский огонь по ханскому лагерю. Утром лагерь крымского хана был пуст, Газы Гирей поверил ложному сообщению и поспешно отступил от Москвы. Конные отряды гнали их до Тулы и взяли в плен много крымцев. Сам хан Газы Гирей был ранен, но привел треть своей армии в Крым. Это была победа, которая укрепила положение Годунова.
Шведы узнав, что наши основные войска на юге, дошли до Белого моря, захватили Печенегский монастырь, разорили земли около Соловецкого монастыря, но сам монастырь им взять не удалось. Русские войска опять прогнали шведов, перешли их границу и разорили несколько их волостей. А в январе 1592 года решили взять реванш, подошли к Выборгу, затем к Кореле и Орешку и через год в Ивангороде, благодаря стараниям Годунова. было заключено перемирие на два года. Война закончилась подписанием Тявзинского мира, Ям, Ивангород, Копорье, Орешек, Ладога были возвращены России. Это была огромная победа.
Семнадцать лет у царя Фёдора с Ириной не было детей.
И против Ирины, хотя ее все любили, возник боярский заговор. Его возглавил митрополит Дионисий и князь Василий Шуйский, они требовали, чтобы государь развёлся с Ириной, а её отправил в монастырь. Но Фёдор очень рассердился на них за то, что от него хотят забрать его любимую жену. Дионисия и князя Шуйского сослали в монастыри. А в мае 1592 года, после почти двенадцати лет брака, у Фёдора с Ириной, к их великой радости, родилась дочь Феодосия. Но, к сожалению, она прожила всего девять месяцев. Это так расстроило Фёдора, что он сильно заболел, у него и так было здоровье слабое. Да так, что полностью и не восстановился, через четыре года, в конце 1597 года умер. По преданию, в час его кончины в кремлёвских палатах ощущалось благоухание. Он пробыл на престоле тринадцать лет и семь месяцев.
После смерти царя Фёдора бояре, опасаясь бедствий междуцарствия, решили присягнуть Ирине. Но уже через неделю после кончины мужа она объявила о решении постричься, удалилась в Новодевичий монастырь и приняла имя инокини Александры, там она и умерла спустя пять лет, за два года до смерти брата.
Династия Рюриковичей закончилась. Прямых наследников на престол не было, а претендентов на царствование было несколько, среди них бояре: Фёдор Романов, племянник последнего царя Фёдора и Василий Шуйский, потомок суздальских князей из рода Рюриковичей. Борьба была жёсткая, длилась она восемь месяцев, но победил шурин царя Годунов Борис. Он уступал конкурентам своей родословной, но за ним был многолетний и в целом успешный опыт управления страной, фактически он и был все это время царем. Это и стало решающим фактором.
