В сентябре 1598 года Борис Годунов венчался на царство. Впервые за всю историю России на престол взошёл незнатный, безродный. Годунов чувствовал шаткость своего положения, и это вынуждало его быть подозрительным. Он не доверял ни Шуйским, ни Романовым, ни Мстиславскому, которые имели полное право на престол.
И если первые два года его правления казались лучшим временем России, то начало века казалось уже наихудшим. Годунов все больше становился завистливым и подозрительным. Страх потерять власть только усиливался, он даже создал личную гвардию телохранителей, состоявшую исключительно из немцев, приехавших из Ливонии и Германии. Годунов опасался мести своих соперников, и поэтому поощрял шпионство и доносы, пытаясь таким образом оградить себя и свое семейство от покушений. А сам хладнокровно расправлялся с этими соперниками, и особенно пострадали бояре Романовы.
Романовых было много. Глава семьи Никита Романович Захарьин-Юрьев был братом той самой царицы Анастасии, первой, и самой любимой жены Ивана Грозного. Он был советником Думы, активным и толковым, а после своей смерти у него осталось семь сыновей и шесть дочерей. Старший сын Фёдор, которому было двадцать девять лет, жил с женой Ксенией Ивановной Шестовой, у них родилось шесть детей, одна дочь и пятеро сыновей, но четыре сына умерли во младенчестве. Проживали они с сыном Михаилом и дочерью Татьяной, в доме на Варварке. Вместе с ними жили и младшие братья и его сёстры. Брат Александр с семьёй жил отдельно в своём доме.
Все Романовы были как на подбор, но особенно отличался Михаил: высокий, статный, с удивительной силой, добрый, его все любили. А Фёдор считался первым московским красавцем, щёголем, да ещё и очень умным, он знал английский, сам изучил латынь, любил читать, у него даже была большая библиотека. В тридцать лет он уже командовал русским войском в сражениях со шведами. Позднее историки назвали его русским Ришилье.
Романовы были между собой очень дружны, а это как раз и беспокоило Бориса Годунова, он был убеждён, что Романовы мечтают о престоле, он видел в них достойных соперников, и потому боялся их. Раздавая им почести, он при первом же наговоре на Романовых, распорядился взять всех пятерых братьев под стражу. А ведь именно ему их отец, боярин Никита Романович, поручил заботу о них, своих детях, и Годунов дал ему клятву. Их обвинили в том, что якобы они замышляли отравить Бориса, в доме Александра нашли мешочек с кореньями и объявили это ядом. Мистика, но именно в октябре, 26-го числа всех Романовых арестовали. Допрашивали, пытали и их друзей, и слуг, но верные слуги умирали в муках, но говорили о невиновности Романовых. И они были правы! Против них не было ни одной улики.
И всё же, в 1601 году, так и не доказав вины, всех Романовых выслали в разные места, причём разъединили мужей с жёнами и детьми. Фёдора насильно постригли, нарекли Филаретом и сослали в Сийскую Антониеву обитель, недалеко от Холмогор, ему было сорок семь лет. Его супругу Ксению под именем Марфы отправили в Заонежский погост, отобрали детей. Молодой красавец Михаил Романов оказался в земляной яме около Перми, в деревне Ныробка, закованный в трёхпудовые кандалы, его приковали к столбу за пояс, ноги и руки. Василия погнали сначала в Яранск, потом в Пелым тоже в кандалах, там его держали в одной избе с Иваном и, чтобы они не могли подходить друг к другу, их приковали к стене, в разных углах избы. Александра сослали в Усолье-Луду, к Белому морю. Мужа их сестры Марфы, боярина Бориса Черкасского, тоже арестовали, держали «на цепи и в железах, пытали на дыбе». Потом отправили его вместе с Марфой и детьми на Белоозеро. Вместе с ними были отправлены и дети Фёдора, шестилетний Михаил и совсем маленькая дочь Татьяна. Через несколько месяцев Борис Черкасский скончался. Выходило, что Годунов решил уничтожить всех Романовых.
