В Совете также функционировали две комиссии: комиссия составления законов и комиссия прощений. Кроме того, при Государственном совете в разное время существовали различные комитеты, комиссии, временные присутствия.
Вторым высшим административным органом стал Кабинет министров, созданный в 1802 г. Кабинет министров рассматривал вопросы, относящиеся к компетенции нескольких министерств и поэтому требовавшие совместного обсуждения министров. Председательствовал на его заседаниях император. С 1812 г. Кабинет министров создал конкуренцию Государственному совету в делах обсуждения законов. Комитет стал рассматривать следующие вопросы:
1) дела, которые не могли быть решены из-за отсутствия законов;
2) дела других ведомств;
3) законопроекты;
4) дела, связанные с надзором за государственным аппаратом;
5) личный состав правительственных учреждений;
6) жалобы помещиков и крестьян;
7) вопросы управления страной;
8) дела о награждениях и взысканиях чиновников и т.п.
В результате преобразований Сенат получился как смешанное ведомство, соединившее в себе функции высшей судебной инстанции по делам гражданским и уголовным, суда ревизионного и кассационного и функции высшего административного учреждения, которое распоряжается обнародованием законов и наблюдает за их исполнением, устраняя противоречия в применении законов.
Святейший Синод оставался высшим законосовещательным, административным и судебным правительственным учреждением по делам Русской православной церкви. Однако процесс сближения церковного управления с государственными структурами (включение Синода в состав Министерства духовных дел и народного просвещения) привел к лишению Синода ряда функций публичной власти.
Важную роль в государственном аппарате в это время играла Собственная Его Императорского Величества канцелярия (возглавляемая до 1825 г. А.А. Аракчеевым), связывавшая царя со всеми правительственными учреждениями.
В этот период произошло реформирование не только государственных, но и местных органов управления. Так, в целях упорядочения различных повинностей Александром I был издан указ «Предварительное положение о земских повинностях», в котором впервые на законодательном уровне определялось понятие «земство». Земские повинности отличались от государственных тем, что отбывались именно на местах.
В период правления Александра I большое внимание уделялось устройству и местному управлению Сибири. В 1822 г. были приняты два законодательных акта «Учреждение для управления Сибирских губерний» и Устав «Об управлении инородцев Сибири», которые создавали систему управления с учетом местных особенностей.
В 1838 г. была проведена реформа местного самоуправления в среде государственных крестьян: сельские общества учреждались в каждом большом казенном селении, его органами являлись сельский сход, сельское начальство (старшины, сотские, десятские, смотрители магазинов, сборщики податей) и сельская расправа. В задачу органов крестьянского общественного самоуправления входило: «народоисчисление», контроль за делами веры, охрана общественного порядка, безопасность лиц и имуществ, паспортный контроль, а также обеспечение мер по врачебному делу, благоустройству, народному продовольствию, противопожарной безопасности, управлению хозяйством сельских сообществ, сбор податей и выполнение повинностей, прежде всего рекрутской
